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HPCシステムズのエンジニア達による技術ブログ

Tech Blog

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計算化学

GROMACS チュートリアル 水のMD サンプリング

簡単な水のMDを用いて、GROMACSの使い方をおさらいします。このステップでサンプリングを行います。
計算化学

GROMACS チュートリアル 水のMD NVT

簡単な水のMDを用いて、GROMACSの使い方をおさらいします。このステップではNVTにより、系の温度を室温程度にします。
計算化学

GROMACS チュートリアル 水のMD エネルギー最小化

水を用いた簡単なMDを用いて、GROMACSの使い方をおさらいします。このステップではまず、エネルギー最小化を行います。
計算化学

GROMACS チュートリアル 水のMD 導入

最も簡単なGROMACSのMDの例として、水(溶媒のみ)のMDを実行してみます。
HPC

ARMでGROMACS

HPCチャレンジを動かして、大まかなARMのcpuの性格が分ったという事で、では、実アプリじゃどうなのか、という話になりました。 OSは共通、さらに、gccやclang、flangが使用可能という事で、ソースがあるlinux上の大抵のアプリはポート出来るとは思いはするものの、やはり、ポーティングされた例が多いものである方が成功する可能性は高いと考えられます。ポーティング例が多く、ソースが付属しているとなると、やはりOpenSouce系のアプリが良いでしょう。という訳で、gromacsをビルドして動かしてみる事にしました。 gromacsを選択する理由として 1、OpenSour...