水を用いた簡単なMDを用いて、GROMACSの使い方をおさらいします。このステップではまず、エネルギー最小化を行います。

最も簡単なGROMACSのMDの例として、水（溶媒のみ）のMDを実行してみます。

背景 ここ数年のHPC環境では、CPUやGPUによる計算コストよりも、データを移動するコストが支配的になっているという認識がますます強くなっています。どれだけ計算能力が高くてもデータが届かなければ、計算した結果を保存できなければ、せっかくの高速な環境はそれを待つことに時間を浪費しパフォーマンスが劣化します。メモリからのデータ転送でキャッシュのアルゴリズムが重要な要素となり、低遅延のネットワーク、ストレージの役割がますます大きくなっています。お金のかけ方が以前とは変わってきているわけです。一方でデータを動かすのではなく、データを中心にしてシステムを割り当てていくデータセントリックという、逆転の...