ファイルだって並列でDistributeしたい 前回のpdshには、pdcpというファイルコピーを複数のサーバーへ並列で行うユーティリティが存在します。これを用いれば、クラスターノードを増設で全てのマシンの/etc/hostsを更新したいとか、ライセンスサーバーのアドレスが変わったので静的ルートの設定ファイルを一斉に更新したいとか、そういうケースでコマンド一発でしかも並列実行できます。多数のファイルを一斉に送信できるという意味のパラレルではありませんのでご注意下さい。 転送 基本的に使い方はpdshと変わりません。-wや-gで標的となるホスト名やグループを指定します。次に展開するファイル...

PDSHとは もともとIBMのクラスター管理ユーティリティ群だったClusterITの中にあったdsh(Distributed shell)のパラレル版です。dshは同じ処理を多数のマシンで行いたい場合に使うものですが、クラスターシステムの大規模化やスピードアップのために、並列動作に対応させたのがPDSHです。 RHEL/CentOSではEPELリポジトリからインストール可能ですし、ビルド自体も難しくはありません。PDSHソースコード配布元はこちら。 ここでは計算ノードがnode001からnode128まで128台あるとし、ログインしている管理ノードからは、全てのマシンにパスワードなしで...

Gaussianは量子化学計算のアプリケーションで、この分野においてデファクトスタンダードとなっています。（公式HP) 2018年4月3日時点での最新版は、Gaussian 16 rev.B01 となります。 今回のベンチマーク環境は以下となります。   第２世代環境 （第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ） 第１世代環境 （第１世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ） CPU Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon Gold  6154 ( 3.0 GHz/18Core ...

今回は深層学習のベンチマークの結果ではなく、うんちくを書いていきます。うんちくと言っても、私が持っているものは、正答率に関してではなく、学習速度に関するものなので、一般には、全く役に立たないと思います。

VASPは密度汎関数法による平面波・擬ポテンシャル基底を用いた第一原理電子状態計算プログラムパッケージです。（公式HP) 2018年4月3日時点での最新版は、Version 5.4.4 patch1 ( patch.5.4.4.16052018 ) となります。 今回のベンチマーク環境は以下となります。   第２世代環境 （第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ） 第１世代環境 （第１世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ） CPU Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon G...

今回ベンチマークを行うアプリケーションはAmberです。 Amberは生体分子シミュレーション用アプリケーションです。（公式HP) Amber は 有償のSolverと無償のツール群（AmberTools)に分かれており、SolverのビルドにはAmberToolsのビルドも必要になります。 2018年4月3日時点での最新版は、Amber（Solver）、AmberTools 、共にVersion 18となります。 この Amber 18 & AmberTools 18 の組み合わせですが、 インテル🄬 Parallel Studio XE 2018と相性が悪く、ビルド中...