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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:Amber

今回ベンチマークを行うアプリケーションはAmberです。

Amberは生体分子シミュレーション用アプリケーションです。(公式HP)

Amber は 有償のSolverと無償のツール群(AmberTools)に分かれており、SolverのビルドにはAmberToolsのビルドも必要になります。
2018年4月3日時点での最新版は、Amber(Solver)、AmberTools 、共にVersion 18となります。
この Amber 18 & AmberTools 18 の組み合わせですが、
インテル🄬 Parallel Studio XE 2018と相性が悪く、ビルド中に

” このVersionのIntelCompilerは使用できません ”

という内容のメッセージが表示され、ビルドプロセスが停止してしまいます。
そのため、このAmber18の検証のみ、インテル🄬 Parallel Studio XE 2017 Update 7を使用しました。

さて、では実際のベンチマーク結果を見ていきましょう。
今回のベンチマーク環境は以下となります。

  第2世代環境
(第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ)
第1世代環境
(第1世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ)
CPU

Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon Gold  6154 ( 3.0 GHz/18Core ) x 2
Memory

192 GB :16 GB( DDR4 2933 MHz ) x 12 92 GB :8 GB( DDR4 2666 MHz ) x 12
HDD

SATA 1TB HDD x 1 SATA 1TB HDD x 1
OS CentOS 7.5 CentOS 7.4
Compiler インテル🄬 Parallel Studio XE 2017 Update 7
MPI インテル🄬 MPIライブラリー 2018 Update 2
BLAS インテル🄬 Parallel Studio XE 2017 Update 7同梱のMKL
AMBER Amber18 patch 4  AmberTools 18 patch 9
Input Cellulose_production_NVE ( 参考HP

結果ですが、以下のようになりました。
表中一番右の列は性能比で、第1世代環境の性能を100とした場合の第2世代環境の性能値となります。

Amber 18 のベンチマーク結果 ( ns/day )
Amber 18
Cellulose_production_NVE
第2世代環境
( Platinum 6286)
第1世代環境
( Gold 6154 )
性能比
(第1世代環境=100)
1node 8core 1.220 1.200 101.7
1node16core 2.220 2.170 102.3
1node32core 3.780 3.520 107.4

第2世代環境は第1世代環境に比べて仕様上のCPU動作周波数が 0.1 GHz 低いのですが、ベンチマークでは同等以上の結果が得られました。
この結果の原因は、やはりTurboBoost上昇値の影響が大きいと推測しています。

弊社HPにて、Amber を含むベンチマーク結果について、測定データを増やした、より詳細な報告書を公開しております。
興味のある方は、こちらのサイトも是非参照ください。