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HPCシステムズのエンジニア達による技術ブログ

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HPC

計算化学

DALTONを高速化

DALTONという名前の量子化学プログラムスイートがあります。 この名称は、ホームページで人物の姿があるように、John Dalton博士をリスペクトしたものだろうという事は分るのですが、イギリス系の地名や姓など、かなり一般的な単語の為、Web用の検索エンジンを単純に使用すると、関連の無いものばかりが並ぶ事になるという困ったアプリでもあったりします。 このDALTON、かなり古くから存在するもので、最初のリリースは1983年、version 1.0が1997年 というものなので、スパコン世代の癖がかなり濃厚に残っているアプリです。 2011年以降、DALTONはバージョンナンバーがv...
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AMD EPYC 7002シリーズ(Rome) ベンチマーク Gaussian

AMD EPYC の最新世代 Rome、7002シリーズプロセッサーについて、ベンチマークを取得しました! ベンチマーク取得したアプリケーションは Gaussian です。 1CPUあたりコア数が最大64、メモリ8チャンネル、AVX2対応、と目を引くスペックですが、これを Xeon Cascade Lake と比べるとどうなるのか!? どうぞご覧ください! ベンチマーク報告書ダウンロードページはこちら
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Compilerの種類、Versionに関する話(その2)

少し間が空いてしまいました。 今回の記事では、引き続き Compiler について書いていきます。 今回の記事は前回からの続きとなりますので、未読の方はぜひこちらをご覧ください。 パフォーマンスが一定以上出るかどうか 前回の記事でも書きましたが、ここで言う、 「パフォーマンスが一定以上出る」 という表現は、 「他のCompilerと比較してパフォーマンスが極端に低くない」 という意味であり、最適(最速)な組み合わせを求めているわけではありません。 特定の Compiler によって、性能が大きく劣化してしまうケースは、 前回述べた、動作そのものが不安定になるケ...
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Compilerの種類、Versionに関する話(その1)

お客様とソース配布のアプリケーションについて話をしていると、 " アプリケーションビルドに、この Compilerでは問題ないですか " " アプリケーションビルド時に、Compiler の差はどの程度ありますか " という質問を受けることがあります。 今回はこの点について書いていきたいと思います。 話の前提として、" 特定のアプリとCompilerの組み合わせ" については、組み合わせ数が膨大となり、ここでは書ききれません。 あくまで一般論となってしまうことはご了承下さい。 また、Compiler が問題ない、と判断する基準は、 安定して動作する事 パフォー...
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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:Gaussian

Gaussianは量子化学計算のアプリケーションで、この分野においてデファクトスタンダードとなっています。(公式HP) 2018年4月3日時点での最新版は、Gaussian 16 rev.B01 となります。 今回のベンチマーク環境は以下となります。   第2世代環境 (第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ) 第1世代環境 (第1世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ) CPU Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon Gold  6154 ( 3.0 GHz/18Core ...
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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:VASP

VASPは密度汎関数法による平面波・擬ポテンシャル基底を用いた第一原理電子状態計算プログラムパッケージです。(公式HP) 2018年4月3日時点での最新版は、Version 5.4.4 patch1 ( patch.5.4.4.16052018 ) となります。 今回のベンチマーク環境は以下となります。   第2世代環境 (第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ) 第1世代環境 (第1世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ) CPU Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon G...
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HPC PACK2016の概要について

HPC Packの概要 HPC PackはMicrosoftが提供するHPC用のソリューションです。 ノードデプロイ、ジョブスケジュール、ノード管理、監視の機能が搭載されています。 管理可能なノードとしてはWindowsからCentOSなどのLinuxディストリビューションまで、 幅広く対応しています。 オンプレミスの環境だけでなく、Azure対応といったクラウド上での動作もサポートしています。 最新のバージョンはHPC Pack 2016がリリースされています。 HPC Pack2016で搭載された機能 GA版で搭載された機能 ・HA機能 ・Azure Active Di...
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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:Amber

今回ベンチマークを行うアプリケーションはAmberです。 Amberは生体分子シミュレーション用アプリケーションです。(公式HP) Amber は 有償のSolverと無償のツール群(AmberTools)に分かれており、SolverのビルドにはAmberToolsのビルドも必要になります。 2018年4月3日時点での最新版は、Amber(Solver)、AmberTools 、共にVersion 18となります。 この Amber 18 & AmberTools 18 の組み合わせですが、 インテル🄬 Parallel Studio XE 2018と相性が悪く、ビルド中...
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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:HPL

第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサでHPLのベンチマークを行い、第1世代IntelXeonスケーラブルプロセッサと比較した。
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新世代IntelXeonCPUが発表されました

Intel社から新世代Xeonがついに発表されました。社内検証機に搭載されているXeonについて、発表された資料から前世代と比較してみます。
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Intel製次世代Xeon CPU( Cascade Lake )の検証を開始しています

開発名 Cascade Lake と呼ばれる Xeon CPU を搭載した検証機が社内に到着しました。今後検証を開始していきます。
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ARMでHPCチャレンジ

ARM64のWSが評価用に入った訳なんですが、 まずは軽いベンチでも行なおうという事で、HPCチャレンジベンチマークをやってみる事にしました。 HPCチャレンジベンチマークは にある7つのベンチマークを行なってスパコンの性能を調査するベンチマークで、京がHPCチャンレンジ賞を取った事とか、古くは地球シミュレーターでMPIFFTでトップに立った話などを聞き及んだ事があるかと思います。 大型クラスター向けのベンチマークなので、1台のマシンで取っても仕方ない面はあったり、STAR◯◯というベンチマーク結果の説明が少なかったり、結果が盛り難いという難点?があったりはするのですが、複数の視点か...