はじめに 昨今、HPCにおいてはCPU・GPUの演算性能が向上し、それに伴い必要な消費電力も増加しています。これにより、筐体内の熱を効果的に排熱する方法が課題となっています。この課題に対処する一つの方法として、水冷式が注目されており、当社でもデスクサイドに設置可能な水冷式ワークステーション『HPC5000-XSRGPU4TS-LC』の販売を開始しました。 今回は、この装置の外観・内観、およびGPU BurnにおけるGPUの検証結果をご紹介いたします。 スペック情報 プロセッサー 第4世代 インテル® Xeon® スケーラブル・プロセッサー (最大TDP 270W） ...

『NVLink Bridgeで複数GPUを繋いだら、それらが1GPUとして扱えるようになるんでしょ？』という誤解をされているお客様をしばしばお見受けいたします。こちらの記事では、それが誤解であること、また、SLIやUnified Memoryといった関連する情報についても整理して解説いたします。間違った期待を抱いて失敗しないように、正しい理解を深めていきましょう。 GPUのメモリ空間は他デバイスから隔絶されています GPU上には演算するためのプロセッサと、データを一時的に置いておくためのメモリ(VRAM)が搭載されています。GPUのメモリを、CUDAで書かれたプログラムから利用するには、c...

はじめに 以下では、Gaussian16 の Unix 向けバイナリ版のインストール手順を解説しています。 単に標準的な手順を知りたいだけであればGaussian社公式のインストール手順を読めば事足りるのですが、大学様の計算機センターなどで複数のバイナリをお持ちの場合に、お使いの計算機に適したバイナリを特定する方法や、そこで間違った際のエラーなど、補足情報も以下に記載しています。 計算機の性能を最大限に引き出すロジックを身に着けていただいて、ご業務の時短に活かしていただければ幸いです。 全体的に Gaussianのインストールにあたっては、Gaussian社の公式サイトにある Ins...

LAMMPS 概説 LAMMPSは、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulatorの略で、材料モデリングに重点を置いた古典的な分子動力学シミュレーションです。 元々はF77で書かれていました。LAMMPS 99がF77で、LAMMPS 2001がF90で書かれていたバージョンです。とあるMPIの実装実験の時、手頃な負荷のアプリが欲しいという事で、C++に書き換えられました。現在のLAMMPSは、2005年に公開されたC++版を祖とするものです。 オープンソースでフリーである事から、特にスパコンで様々な実装実験などに使われ...

このウェビナーにはFX700や「富岳」などのA64FX環境での技術的な話題もありますので、Tech Blogでも紹介をさせてください。 無料ウェビナー 計算化学の最前線 ～富岳テクノロジーが加速するHPC・AI～ 弊社の講演者からは、FX700や「富岳」にて計算化学アプリケーションを安定動作させるため＆高速化させるために行った試行錯誤をいくつか報告いたします。 「富岳」をクラウド計算資源として実務に活用していく際にFX700がどのように役に立つかを、わかりやすさを大切にしながら説明いたします。 「富岳」やHPCクラウドにご興味がございましたら、どうぞご参加ください！

DALTONという名前の量子化学プログラムスイートがあります。 この名称は、ホームページで人物の姿があるように、John Dalton博士をリスペクトしたものだろうという事は分るのですが、イギリス系の地名や姓など、かなり一般的な単語の為、Web用の検索エンジンを単純に使用すると、関連の無いものばかりが並ぶ事になるという困ったアプリでもあったりします。 このDALTON、かなり古くから存在するもので、最初のリリースは1983年、version 1.0が1997年 というものなので、スパコン世代の癖がかなり濃厚に残っているアプリです。 2011年以降、DALTONはバージョンナンバーがv...

AMD EPYC の最新世代 Rome、7002シリーズプロセッサーについて、ベンチマークを取得しました！ ベンチマーク取得したアプリケーションは Gaussian です。 1CPUあたりコア数が最大64、メモリ8チャンネル、AVX2対応、と目を引くスペックですが、これを Xeon Cascade Lake と比べるとどうなるのか！？ どうぞご覧ください！ ベンチマーク報告書ダウンロードページはこちら

少し間が空いてしまいました。 今回の記事では、引き続き Compiler について書いていきます。 今回の記事は前回からの続きとなりますので、未読の方はぜひこちらをご覧ください。 パフォーマンスが一定以上出るかどうか 前回の記事でも書きましたが、ここで言う、 「パフォーマンスが一定以上出る」 という表現は、 「他のCompilerと比較してパフォーマンスが極端に低くない」 という意味であり、最適（最速）な組み合わせを求めているわけではありません。 特定の Compiler によって、性能が大きく劣化してしまうケースは、 前回述べた、動作そのものが不安定になるケ...

お客様とソース配布のアプリケーションについて話をしていると、 " アプリケーションビルドに、この Compilerでは問題ないですか " " アプリケーションビルド時に、Compiler の差はどの程度ありますか " という質問を受けることがあります。 今回はこの点について書いていきたいと思います。 話の前提として、" 特定のアプリとCompilerの組み合わせ" については、組み合わせ数が膨大となり、ここでは書ききれません。 あくまで一般論となってしまうことはご了承下さい。 また、Compiler が問題ない、と判断する基準は、 安定して動作する事 パフォー...

Gaussianは量子化学計算のアプリケーションで、この分野においてデファクトスタンダードとなっています。（公式HP) 2018年4月3日時点での最新版は、Gaussian 16 rev.B01 となります。 今回のベンチマーク環境は以下となります。   第２世代環境 （第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ） 第１世代環境 （第１世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ） CPU Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon Gold  6154 ( 3.0 GHz/18Core ...

VASPは密度汎関数法による平面波・擬ポテンシャル基底を用いた第一原理電子状態計算プログラムパッケージです。（公式HP) 2018年4月3日時点での最新版は、Version 5.4.4 patch1 ( patch.5.4.4.16052018 ) となります。 今回のベンチマーク環境は以下となります。   第２世代環境 （第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ） 第１世代環境 （第１世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ） CPU Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon G...

HPC Packの概要 HPC PackはMicrosoftが提供するHPC用のソリューションです。 ノードデプロイ、ジョブスケジュール、ノード管理、監視の機能が搭載されています。 管理可能なノードとしてはWindowsからCentOSなどのLinuxディストリビューションまで、 幅広く対応しています。 オンプレミスの環境だけでなく、Azure対応といったクラウド上での動作もサポートしています。 最新のバージョンはHPC Pack 2016がリリースされています。 HPC Pack2016で搭載された機能 GA版で搭載された機能 ・HA機能 ・Azure Active Di...

今回ベンチマークを行うアプリケーションはAmberです。 Amberは生体分子シミュレーション用アプリケーションです。（公式HP) Amber は 有償のSolverと無償のツール群（AmberTools)に分かれており、SolverのビルドにはAmberToolsのビルドも必要になります。 2018年4月3日時点での最新版は、Amber（Solver）、AmberTools 、共にVersion 18となります。 この Amber 18 & AmberTools 18 の組み合わせですが、 インテル🄬 Parallel Studio XE 2018と相性が悪く、ビルド中...

第２世代IntelXeonスケーラブルプロセッサでHPLのベンチマークを行い、第１世代IntelXeonスケーラブルプロセッサと比較した。

Intel社から新世代Xeonがついに発表されました。社内検証機に搭載されているXeonについて、発表された資料から前世代と比較してみます。

開発名 Cascade Lake と呼ばれる Xeon CPU を搭載した検証機が社内に到着しました。今後検証を開始していきます。

ARM64のWSが評価用に入った訳なんですが、 まずは軽いベンチでも行なおうという事で、HPCチャレンジベンチマークをやってみる事にしました。 HPCチャレンジベンチマークは にある7つのベンチマークを行なってスパコンの性能を調査するベンチマークで、京がHPCチャンレンジ賞を取った事とか、古くは地球シミュレーターでMPIFFTでトップに立った話などを聞き及んだ事があるかと思います。 大型クラスター向けのベンチマークなので、1台のマシンで取っても仕方ない面はあったり、STAR◯◯というベンチマーク結果の説明が少なかったり、結果が盛り難いという難点？があったりはするのですが、複数の視点か...