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HPCシステムズのエンジニア達による技術ブログ

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EPYC ROME環境におけるMKL環境変数の影響について その2

前回のブログの通り、実際にアプリケーションの動作を確認していきます。 今回検証に使用したハードウェア環境、開発環境は以下の1ノードとなります。 HW構成 :CPU                  AMD EPYC 7702 ( 2.0GHz / 64core ) x 2        Memory              256 GB ( 16 GB 3200 MT/s x 16 ) OS         :CentOS 7.6 Compiler:Intel Compiler 19.0.5.281、17.0.7.259 MKL   : 上記 Intel Compiler に同梱...
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EPYC ROME環境におけるMKL環境変数の影響について その1

お久しぶりです。 随分間が空いてしまいました、申し訳ありません。 EPYC ROME環境での計算科学アプリケーションの挙動について、引き続き書いていこうと思います。 ソースコードで配布されている科学技術計算用アプリケーションにおいては、想定している開発環境として、数値計算ライブラリ Intel Math Kernel Library ( MKL )に対応しているものが複数あります。 弊社ではこのようなアプリケーションでMKLを使用したビルドを行っています。 これは、Intel製CPU環境においては、MKLが性能的に優れ、動作的にも安定しているためです。 しかし、EPYC環境において...
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AMD EPYC Rome の性能検証その3(Amber18)

今回ベンチマークを行うアプリケーションはAmberです。 Amberは生体分子シミュレーション用アプリケーションです。(公式HP) Amber は 有償のSolverと無償のツール群(AmberTools)に分かれており、 SolverのビルドにはAmberToolsのビルドも必要になります。 2020年2月17日時点での最新版は、Amber(Solver)がVersion 18 、 AmberTools が Version 19となります。 前回のHPLと同様に、Compiler、数値演算ライブラリ、MPIを変化させてベンチマークを取得していきたいと考えていたのですが... ...
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AMD EPYC Rome の性能検証その2(HPL)

さて、今回から実際のアプリケーションについて検証を行っていきます。 今回の実行するアプリケーションはHPLです。 ご存知の方も多いと思いますが、HPLは行列演算能力を測定するベンチマークプログラムです。 HPLは単純なプログラムであるため、実際の科学技術計算の性能傾向との間には乖離があると指摘されていますが、 未だにTop500の指標として使用されているように、純粋な計算機の演算能力を図る指標としては有用だと考えています。 検証対象のハードウェアは以下の通りとなります。 比較のため、Intel社製ハードウェアも用意しました。   CPU Memory O...
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AMD EPYC Rome の性能検証その1

昨年、AMD社製サーバ向けCPUブランド EPYCシリーズの第2世代、AMD EPYC™ 7002シリーズ・プロセッサー が販売されました。 このシリーズは x86-64互換(Intel社製Xeon互換)で、Rome(ローマ)というコードネームで開発されていたものです。 この第2世代EPYCプロセッサは、科学技術計算分野において非常に注目されており、弊社でも Gaussian についてベンチマークを実行して性能測定を行っております。 それ以外のアプリケーション、特にソースコード配布でビルド作業が必要なもの、について、本ブログにおいて複数回検証を行っていきたいと思います。 さて、実際のア...
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Compilerの種類、Versionに関する話(その2)

少し間が空いてしまいました。 今回の記事では、引き続き Compiler について書いていきます。 今回の記事は前回からの続きとなりますので、未読の方はぜひこちらをご覧ください。 パフォーマンスが一定以上出るかどうか 前回の記事でも書きましたが、ここで言う、 「パフォーマンスが一定以上出る」 という表現は、 「他のCompilerと比較してパフォーマンスが極端に低くない」 という意味であり、最適(最速)な組み合わせを求めているわけではありません。 特定の Compiler によって、性能が大きく劣化してしまうケースは、 前回述べた、動作そのものが不安定になるケ...
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Compilerの種類、Versionに関する話(その1)

お客様とソース配布のアプリケーションについて話をしていると、 " アプリケーションビルドに、この Compilerでは問題ないですか " " アプリケーションビルド時に、Compiler の差はどの程度ありますか " という質問を受けることがあります。 今回はこの点について書いていきたいと思います。 話の前提として、" 特定のアプリとCompilerの組み合わせ" については、組み合わせ数が膨大となり、ここでは書ききれません。 あくまで一般論となってしまうことはご了承下さい。 また、Compiler が問題ない、と判断する基準は、 安定して動作する事 パフォー...
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Intel Math Kernel Library ( Intel MKL ) について

時々、お客様からIntel Math Kernel Library ( Intel MKL ) に関する質問を受けます。 最近、Intel MKLはソース配布のHPC向けアプリケーションでも対応例が多いため、興味を持たれている方も多い印象です。 そのため、今回は Intel MKLについて解説します。 〇 Intel MKL とは Intel MKLは数値演算ライブラリの1種で、主な機能としては BLAS ( Basic Linear Algebra Subprograms )、LAPACK ( Linear Algebra PACKage ) となります。 数値演算...
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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:Gaussian

Gaussianは量子化学計算のアプリケーションで、この分野においてデファクトスタンダードとなっています。(公式HP) 2018年4月3日時点での最新版は、Gaussian 16 rev.B01 となります。 今回のベンチマーク環境は以下となります。   第2世代環境 (第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ) 第1世代環境 (第1世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ) CPU Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon Gold  6154 ( 3.0 GHz/18Core ...
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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:VASP

VASPは密度汎関数法による平面波・擬ポテンシャル基底を用いた第一原理電子状態計算プログラムパッケージです。(公式HP) 2018年4月3日時点での最新版は、Version 5.4.4 patch1 ( patch.5.4.4.16052018 ) となります。 今回のベンチマーク環境は以下となります。   第2世代環境 (第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ) 第1世代環境 (第1世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ) CPU Xeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2 Xeon G...
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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:Amber

今回ベンチマークを行うアプリケーションはAmberです。 Amberは生体分子シミュレーション用アプリケーションです。(公式HP) Amber は 有償のSolverと無償のツール群(AmberTools)に分かれており、SolverのビルドにはAmberToolsのビルドも必要になります。 2018年4月3日時点での最新版は、Amber(Solver)、AmberTools 、共にVersion 18となります。 この Amber 18 & AmberTools 18 の組み合わせですが、 インテル🄬 Parallel Studio XE 2018と相性が悪く、ビルド中...
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第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:HPL

第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサでHPLのベンチマークを行い、第1世代IntelXeonスケーラブルプロセッサと比較した。
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新世代IntelXeonCPUが発表されました

Intel社から新世代Xeonがついに発表されました。社内検証機に搭載されているXeonについて、発表された資料から前世代と比較してみます。
HPC

Intel製次世代Xeon CPU( Cascade Lake )の検証を開始しています

開発名 Cascade Lake と呼ばれる Xeon CPU を搭載した検証機が社内に到着しました。今後検証を開始していきます。