前置き この記事を書いている間にSingularityはEPELリポジトリから最新の3.5.3がインストールできるようになり、GROMACSは2020.1がリリースされました。ちなみにGROMACSは「誤った結果を出す」という理由で、GROMOS力場を削除していくようで、以前のデータがそのままでは使えなくなったり、計算結果が異なる可能性があります。ただ、2020.1にもファイルは従来どおり残っているので（使おうとするとワーニングは出ますが）一応計算は実行でき、ベンチマークの取得は可能です。 GROMACSに関する予備知識 分子動力学計算は単一の計算を繰り返しているわけではなく、近距離にあ...

背景 コンテナを使う時よく問題になるのは、特殊なハードウエアを使う場合にデバイスドライバとそれを叩くライブラリの組み合わせ問題です。コンテナはカーネル空間を分離してユーザーランドだけで動きます。つまりカーネルとデバイスドライバは管轄外になります。一方でアプリケーションを動かすライブラリはユーザーランドつまりコンテナ内にあります。せっかくのポータビリティがコンテナにあっても、このミスマッチでアプリが動かないのでは困ります。HPCではGPUをはじめ、Infinibandだったり、特殊機材のハードウエアや他のマシンのメモリすら直接叩いてパフォーマンスを最大化してきた歴史があります。そもそもコンテナ...

今回ベンチマークを行うアプリケーションはAmberです。 Amberは生体分子シミュレーション用アプリケーションです。（公式HP) Amber は 有償のSolverと無償のツール群（AmberTools)に分かれており、 SolverのビルドにはAmberToolsのビルドも必要になります。 2020年2月17日時点での最新版は、Amber（Solver）がVersion 18 、 AmberTools が Version 19となります。 前回のHPLと同様に、Compiler、数値演算ライブラリ、MPIを変化させてベンチマークを取得していきたいと考えていたのですが... ...

旧来の普通のLustreとクラウド上のLustreの着眼点の違い 前回はLustreファイルシステムの概要を解説をしました。Lustreがどのようなコンセプトで設計され、大容量と高性能を実現しているのかおわかりいただけたのではないでしょうか。さて、前回少し触れましたが、MDS/OSSをそれぞれ2重化して可用性を高めた「普通のLustreの構成」を図にすると、次のようになります。 Lustreをオンプレミスで構成して安定運用しようとすれば、導入コストは数千万円〜になり、高度な技術と経験が必要です。しかし最大スループットなどについてある程度目をつむれば、AWS上でこうした構成を組むことはテ...

さて、今回から実際のアプリケーションについて検証を行っていきます。 今回の実行するアプリケーションはHPLです。 ご存知の方も多いと思いますが、HPLは行列演算能力を測定するベンチマークプログラムです。 HPLは単純なプログラムであるため、実際の科学技術計算の性能傾向との間には乖離があると指摘されていますが、 未だにTop500の指標として使用されているように、純粋な計算機の演算能力を図る指標としては有用だと考えています。 検証対象のハードウェアは以下の通りとなります。 比較のため、Intel社製ハードウェアも用意しました。   CPU Memory O...

昨年、AMD社製サーバ向けCPUブランド EPYCシリーズの第２世代、AMD EPYC™ 7002シリーズ・プロセッサー が販売されました。 このシリーズは x86-64互換（Intel社製Xeon互換）で、Rome（ローマ）というコードネームで開発されていたものです。 この第２世代EPYCプロセッサは、科学技術計算分野において非常に注目されており、弊社でも Gaussian についてベンチマークを実行して性能測定を行っております。 それ以外のアプリケーション、特にソースコード配布でビルド作業が必要なもの、について、本ブログにおいて複数回検証を行っていきたいと思います。 さて、実際のア...

概要 IFTTTの面白さを再発見し、作ってみました。arXiv(RSS feed) ⇒ IFTTT ⇒ Slack 、これでイメージできる方は、はい、それです。 背景 新しい学術情報の収集にarXivのプレプリントを見ている方は少なからずいらっしゃるでしょう。もちろん、それ以外の論文掲載サイトもたくさんありますが、大抵、更新があるかどうかは見に行かないとわからないし、それに、見に行ったけど更新がなくて残念ということもあるでしょう。更新があったときだけ高頻度に読むメディアに通知してくれたら便利ですよね。それも、自分の興味のあるキーワードに引っかかる更新だけについて通知してくれたら・・・。私...

概要 監視や管理を行うソフトウェアの分類にData Center Infrastructure Management というものがあります。 Data Center Infrastructure Managementはデータセンター内の資産管理を行うソフトウェアです。 具体的には、サーバラックが何台あり、どこに配置されているか？ ラックの温度は何度か、消費電力は何wか？といったことを集約して集中管理することができます。 Intel社からData Center Manager(以下DCM)という有償ソフトウェアでリリースされています。 このDCMは各社のIPMIから、センサー情報を...

はじめに HPCとはHigh Performance Computingの略で、一般には科学技術計算を意味すると認識されています。ところが、この中にどこにも「科学」とか「技術」とかの単語はありません。HPCの定義として高速にデータ処理をするもの全般として広くとらえた方が良いと、ずっと個人的には考えていますが、まだまだ一般的な考え方とは言えないのが現状です。 さて、最初にAWSがLustreをやると聞いた時は、旧来のHPC以外の人はそもそもLustreなんて知らないし、使う理由もないのでは？と思っていました。実際、Lustreをメインのストレージとして使うには初期投資が大きくなりがちで、...

RHEL/CentOSについて 　これらのディストリビューションはその名の通りエンタープライズ用途に用いることを前提に作られ、サポートされています。長期に渡って運用されるシステムのために固定された仕様のまま、セキュリティ対応の修正が入れられています。バージョンが固定されていることで、仕様変更が入らないことが保証され、修正は入っても突然ソフトウエアが使えなくなる恐れはありません。しかしその反面、何年も前に策定された仕様のため、新しいソフトウエアに対応できなくなるという弊害をはらんでいます。 　RHEL6.0/7.0のリリースはそれぞれ2010年/2014年なので、10年前/5年前の仕様となっ...

AMD EPYC の最新世代 Rome、7002シリーズプロセッサーについて、ベンチマークを取得しました！ ベンチマーク取得したアプリケーションは Gaussian です。 1CPUあたりコア数が最大64、メモリ8チャンネル、AVX2対応、と目を引くスペックですが、これを Xeon Cascade Lake と比べるとどうなるのか！？ どうぞご覧ください！ ベンチマーク報告書ダウンロードページはこちら

少し間が空いてしまいました。 今回の記事では、引き続き Compiler について書いていきます。 今回の記事は前回からの続きとなりますので、未読の方はぜひこちらをご覧ください。 パフォーマンスが一定以上出るかどうか 前回の記事でも書きましたが、ここで言う、 「パフォーマンスが一定以上出る」 という表現は、 「他のCompilerと比較してパフォーマンスが極端に低くない」 という意味であり、最適（最速）な組み合わせを求めているわけではありません。 特定の Compiler によって、性能が大きく劣化してしまうケースは、 前回述べた、動作そのものが不安定になるケ...

NGC(NVIDIA GPU CLOUD)のシステム要件および登録手順

NVIDIAが提供しているNGC(NVIDIA GPU CLOUD)の概要

お客様とソース配布のアプリケーションについて話をしていると、 " アプリケーションビルドに、この Compilerでは問題ないですか " " アプリケーションビルド時に、Compiler の差はどの程度ありますか " という質問を受けることがあります。 今回はこの点について書いていきたいと思います。 話の前提として、" 特定のアプリとCompilerの組み合わせ" については、組み合わせ数が膨大となり、ここでは書ききれません。 あくまで一般論となってしまうことはご了承下さい。 また、Compiler が問題ない、と判断する基準は、 安定して動作する事 パフォー...

日々、膨大な情報の渦の中でさまざまな思索を行う中、思いついたアイデア、ふと思い出したこと、忘れちゃいけないことを、あとでぱっと取り出せるように保管しておきたいことがあります。こうした用事を片付けるのに様々なツールを試されたことが、これを読んでいる貴方も、あるのではないでしょうか。そんな中、意外とあまり知られていない（ような気がします；筆者経験上）、Googleによるツール「Google Keep」を私は愛用しているので、他のツールと比べながら、紹介したいと思います。 ツールその１「自分の脳（記憶）」・・・覚えておく。 長所：持ち物が一切不要。 短所：忘れることがある（忘...

時々、お客様からIntel Math Kernel Library ( Intel MKL ) に関する質問を受けます。 最近、Intel MKLはソース配布のHPC向けアプリケーションでも対応例が多いため、興味を持たれている方も多い印象です。 そのため、今回は Intel MKLについて解説します。 〇 Intel MKL とは Intel MKLは数値演算ライブラリの１種で、主な機能としては BLAS ( Basic Linear Algebra Subprograms ）、LAPACK ( Linear Algebra PACKage ) となります。 数値演算...

背景 どこかで聞いたようなタイトルですが・・・。 さて、DockerやSingularityなどのコンテナは、インターネット回線があれば公開リポジトリにあるイメージをどんどん持ってきて、自分の環境で利用することができます。反面、そのイメージの品質やセキュリティレベルについては自己責任です。しかし、中に何が入っているかつぶさに調べてからでないと使えないというのでは、せっかくの利便性が活きません。昨年Docker hubに登録されていたイメージの中に、仮想通貨のマイニングツールが仕込まれているものが複数見つかるという事件が起きたことから、利便性に隠れて見て見ぬふりをされてきた議論が一気に活発に...

背景 ビッグデータという言葉もそろそろ使い古され、耳にする機会も減ってきた気がしますが、そういう分野がなくなってしまったわけではなく、そうしたサイズのデータを扱うことが当たり前になったという解釈が妥当そうです。実際、ビッグデータという単語を聞かなくなったこととは裏腹に、これまで得られた多数の計算結果を網羅的に統計処理をしたり、データ間の相関を取るなど、直接計算結果を得ることの先の業務が必要になって来ていると、よく耳にするようになりました。その分析にAI的な手法を用いることで効率的に目的（予算の獲得ではなく・・・）を達成できることもあるようですが、コンピュータ資源の利用方法が従来と大きく変わっ...

UBIとは 先日Redhat Enterprise LInux 8がリリースされました。使い勝手の面ではあまり変わりませんが、内部的に多くの更新や変更がはいっており、期待が高まるところです。ところで、同時に発表されたUniversal Base Image(UBI)が話題になっています。これはコンテナ専用のOSイメージで、Redhat社の公式OSイメージであるにも関わらず無償で提供され、再配布まで可能になっています。そのため、自分でコンテナイメージを作る必要がなく、拾ってきたイメージに何かが仕込まれているといった懸念もありません。サブセットながら公式のリポジトリがあり、yumやdnfでアップ...