こんにちは！HPC事業部 技術グループのnabeoです。 弊社のメールニュースを受信いただいている方には3/12に募集開始のメールが届いていると思います。受信していなかった...!! という方のために、こちらの Tech Blog でもご紹介いたします。GRRM経験10年以上の弊社技術員によるGRRMとGRRMmapのセミナーです。お申込みをお待ちしております！ セミナー概要 名称：GRRM/GRRMmapチュートリアルセミナー 主催：HPCシステムズ株式会社 GRRMの基本的な使い方を座学および実習形式で学べます。GRRMユーザーはもちろん、これからGRRM導入をご検討中の方も大歓...

UMAとは Meta社のUMA（Universal Model for Atoms）は、Meta社のFAIR（Fundamental AI Research）チームが開発した、分子や材料の化学特性を原子レベルで予測するための汎用AIモデルです。UMA には次の特徴があります。 汎用性：薬剤開発、電池材料、触媒研究など、幅広い分野に対応します。 高速性：従来の分子シミュレーションが数日かかっていたのに対し、UMAでは数秒で完了可能です。 高精度：従来の専用モデルと同等以上の予測精度を持ちます。 UMAは、Metaが公開した大規模な量子化学データセット「Open Molecule 202...

Winmostar開発元の株式会社クロスアビリティ主催で Winmostar TechDay 2025 が 2025年6月2日(月) に開催されます！ Winmostar は弊社の（オンプレミスの）お客様にWindowsワークステーションにおける計算化学GUI として多用されているほか、弊社サイエンスクラウドへのリモートGUIクライアントとしても利用実績があり、定評があります。 このイベントでは、原子スケールのシミュレーション環境を提供する統合GUIソフトウェアであるWinmostarのユーザ様および導入検討中の方向けに、Winmostarおよび計算化学技術の最新情報が提供...

8/21開催の弊社ワークショップ に聴講をお申込みいただいたお客様の中には、「GRRM20 with Matlantis でどんなことが出来るんだろう？」「性能がどの程度なんだろう？」などとGRRM20 with Matlantisが気になってお申込みになられた方もいらっしゃるかもしれません。 そのような方に朗報です！ GRRM20 with Matlantis を実際に使って検証を行える有償PoC（Proof of Concept ; 概念検証）を受け付けています！ １か月と３か月のPoCプランをご用意しております。PoC用途の期間限定のGRRM20 with Matlantisを購入...

概要 ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。 今回、当社がビルドした GAMESS September 30, 2023 R2 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 ビルドを通じてお客様の力になります C/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて...

HPCシステムズ株式会社、Matlantis株式会社およびＥＮＥＯＳ株式会社が共同開発したGRRM20 with Matlantis。GRRM20 with Matlantisは、Matlantis™上でGRRMを用いることにより、革新的な計算速度で化学反応経路の自動探索を実現します。 この度、ＥＮＥＯＳ株式会社から提供された適用事例をWebページにて公開いたしました。 GRRM20 with Matlantisの有用性を示す結果が得られておりますので、是非ご覧ください！

概要 ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。 今回、当社がビルドした Amber22 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 ビルドを通じてお客様の力になります C/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて書くことなど何もないのでは？」と思われるか...

概要 ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。 今回、当社がビルドした Quantum ESPRESSO 7.2 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 ビルドを通じてお客様の力になります C/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて書くことなど何も...

概要 ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。 今回、当社がビルドした LAMMPS 2 Aug 2023 update 1 GPU版 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 ビルドを通じてお客様の力になります C/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドに...

Schrӧdingerでシミュレーションを行っている製薬企業のお客様に、当社の計算機クラスタシステムをご導入いただいた事例を紹介します。 Schrӧdingerは、最近ライセンス契約形態が変わり、GPU単位での課金からCUDAコア単位の課金になりました。そのため、計算手法とライセンスによっては、GPUを1枚そのままで使うよりも、MIGで分割して使ったほうがハードウェアリソース的にも経済的にも効率が良くなります。今回の場合では、 　　Desmond         → GPUを1枚そのまま 　　FEP+               → MIGで分割したGPU という運用が最適でした。...

最新バージョン23をご好評いただいておりますGRRMについて、基本的な理論や使い方を修得することができるGRRMチュートリアルが今年も量子化学探索研究所主催で開催されます。久しぶりの現地開催となります。GRRMを使ってみたいので、基本的な使い方を学び、アドバンスドな内容にも触れてみたい、といった方に強くお勧めいたします！ 開催概要やお申込みにつきましては以下をご参照ください。 ＧＲＲＭチュートリアル２０２３ ２０２３年度のGRRMチュートリアルが下記の要領で開催されます。 　日時：１１月２４日（金）１０：００－１６：３０ 　（受付開始：　９：３０） 　主催：ＮＰＯ法人量子化学探索研究...

背景 昨今さまざまな数字、データ、グラフを目にする機会が増えています。その一方でそれらをどう解釈して読み解くのか、というリテラシーの問題が取り沙汰されるようになっています。テレビ等で誤解を生みかねないグラフ形式を選択していることなどに指摘がある一方で、意図的にそうした手法を用いているものから間違った判断に誘導される危険性もあります。統計データが直感に反する結論を導くことも珍しくありません。 どの様にデータを使い、見せ、意図を伝え、解釈されるのか？というのは受け側、出す側の両方に求められるリテラシーですが、一方で普段どおりの見せ方をしたのに、他の分野で全く異なる解釈をされ、驚かれた経験がある...

Intel社というと、世間一般ではCPUを中心としたハードウェアメーカーという印象が強いと思います。ですが Intel社には、CompilerやMPIといった、アプリケーション開発用ソフトウェアを提供している一面もあります。 科学技術用計算アプリケーションにおいて、最近はpython言語を用いて作成されたソースコードも増えましたが、C/C++言語やFortran言語で作成されている物はまだまだ非常に多い状況です。 この C/C++言語やFortran言語で書かれたソースコードをCompileする際、Intel社の提供している C/C++/Fortran用コンパイラ( Intel Compi...

LAMMPSユーザーの場合は、古くからtoolsに含まれているのでi-PIをご存じの方は多いと思いますが、VASPのユーザーの場合、知らないという方も多いかと思います。 i-PI は、Python で書かれたab initio 経路積分分子動力学(PIMD)の Python インターフェイスです。原子間の相互作用の ab-initio、機械学習、または力場ベースの評価と併用するように設計されています。イオンの位置の問題と、原子間力を計算する問題を切り離すという目的の為に開発されました。i-PI がサーバーとして機能し、位置エネルギー、力、および圧力ビルアルの位置エネルギー部分の計算はi-...

はじめに 以下では、Gaussian16 の Unix 向けバイナリ版のインストール手順を解説しています。 単に標準的な手順を知りたいだけであればGaussian社公式のインストール手順を読めば事足りるのですが、大学様の計算機センターなどで複数のバイナリをお持ちの場合に、お使いの計算機に適したバイナリを特定する方法や、そこで間違った際のエラーなど、補足情報も以下に記載しています。 計算機の性能を最大限に引き出すロジックを身に着けていただいて、ご業務の時短に活かしていただければ幸いです。 全体的に Gaussianのインストールにあたっては、Gaussian社の公式サイトにある Ins...

VASP 6.4.1がリリースされました。実はvasp 6.3.0からlibxcが使用可能なのですが、vasp 6.4.1に最新のlibxc 6.1.0を組み込んで、libxcを使用した場合、実行時間が早くなるかを試験しました。 libxcに関しては、 をご参照下さい。 使い方は簡単で、インプット(INCAR)で GGA=PA としている部分を GGA = LIBXC LIBXC1 = GGA_X_PBE LIBXC2 = GGA_C_PBE と変更するだけで、VASPビルド時にlibxcが組み込んであれば、VASPの内部でlibxcが呼ばれて使用されます。VASPでの使い方等...

vasp 6.4.1がリリースされましたが、このバージョンで特に強化されているのが、機械学習力場の機能部分です。この機械学習力場を上手く活用すると、大変な計算時間の短縮になるので紹介します。 機械学習力場というと、「力場で計算した結果は信用出来ない」とか、「機械学習ならGPUが必要でしょ？高価なGPUは購入予定が無いので。」といった事を思われるかもしれません。力場の使用に関しては、自分が計算したい系を扱った力場で適切なものを選択するのが大変で、その選定や差異などをチェックするところでとても手間と計算リソースを消費する為、力場で計算する事で省力化可能より手間が大きくなりそうに思えるという事はあ...

ベンチマーク報告書(PDF)のダウンロードはこちらからどうぞ！ 概要 2022年11月10日、第4世代 AMD EPYC™ プロセッサー（開発コード名：Genoa）がリリースされました。新マイクロアーキテクチャ「Zen 4」を採用し、5nm製造プロセスにより微細化されて、1ソケットで最大96コア、2ソケットで最大192コアという多コア構成が可能になったことに加え、DDR5-4800メモリに対応してメモリチャンネルが12本に増えたことでメモリ帯域も太く構成されている点が特長です。また、AVX-512命令に対応してAI・HPCワークロード向けに機能強化された他、キャッシュ階層と分岐予測の改善に...

第12世代インテル® Core™ i9プロセッサーの12900Kは、Performance-core(P-core)を8個・Efficient-core(E-core)を8個搭載したデスクトップPC向けハイエンドプロセッサーです。実計算における性能を明らかにするため、量子化学計算のデファクトスタンダードであるGaussian16にてベンチマークを行いました。 ベンチマーク環境 サーバー: HPC2000-CAL104TA CPU: Intel® Core™ i9-12900K メモリ: 32GB DDR5-4800 ECC UDIMM x2 ソフトウェア: Windows 11 ...

LAMMPS 概説 LAMMPSは、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulatorの略で、材料モデリングに重点を置いた古典的な分子動力学シミュレーションです。 元々はF77で書かれていました。LAMMPS 99がF77で、LAMMPS 2001がF90で書かれていたバージョンです。とあるMPIの実装実験の時、手頃な負荷のアプリが欲しいという事で、C++に書き換えられました。現在のLAMMPSは、2005年に公開されたC++版を祖とするものです。 オープンソースでフリーである事から、特にスパコンで様々な実装実験などに使われ...