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HPCシステムズのエンジニア達による技術ブログ

Tech Blog

HPC

PLiOPS Extreme データプロセッサ (XDP)レビュー

●はじめにサーヴァンツインターナショナル社が取り扱う,PLiOPS Extremデータプロセッサ(XDP)を検証する機会をいただきましたので、ご報告いたします。●PLiOPS Extreme データプロセッサ(XDP)とはPLiOPS Extreamデータプロセッサ(XDP)は、PCI-Expressカード型のアクセラレートカードです。SSD 向けデータ保護機能を提供するとともに、RAIDリビルド時間の短縮など、従来の RAID コントローラーの制限を克服し、SSD の耐久性と使用寿命を延ばし、容量を解放します。●PLiOPS社とはPLiOPSは 2017 年に設立され、2020 年に CRN...
2024.06.05 hpc
HPC
産業用コンピューティング

DDR5 SDRAMメモリの進化の全て：高速化・低電圧化・信頼性向上を解説

本記事では、最新のDDR5 SDRAMメモリがどのように進化し、DDR4 SDRAMメモリと比較してどのような改良が加えられたかを詳しく解説します。とくに、メモリの高速化、低電圧化、信頼性向上について詳しく見ていきます。メモリの種類と特徴メモリはRAM（Random Access Memory）とも呼ばれ、コンピュータが一時的にデータを保管するための重要なパーツです。コンピュータに搭載されるメモリは、大きく以下の3種類に分類されます。 Unbuffered DIMM (UDIMM)一般的なデスクトップPCで使用されるメモリです。 ECC Unbuffered DIMM (ECC UDIMM)低...
2024.05.24 matsuo
産業用コンピューティング
HPC

当社がビルドしたGAMESSの特徴

概要ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。今回、当社がビルドした GAMESS September 30, 2023 R2 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのかをまとめたページを作成しました。こちらです。ビルドを通じてお客様の力になりますC/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて書くことなど何もないのでは？」と思われるかも...
2024.05.20 nabeo
HPC計算化学
DL

NVIDIA GH200 MLベンチマーク公開

NVIDIA GH200 の機械学習ベンチマーク報告書をこちらで公開しました。報告書の中では、NVIDIA H100-PCIEと A6000 を加えた計3種のGPUで、機械学習の学習性能を比較評価しています。ベンチマーク報告書のダウンロードはこちら >>スペック情報NVIDIA GH200、NVIDIA H100-PCIE、NVIDIA A6000 のスペック比較表は次のとおりです。GPU型番NVIDIA GH200NVIDIA H100-PCIENVIDIA A6000アーキテクチャHopperHopperAmpereGPU ベースクロック990 MHzGPU Boost 時クロック1755...
2024.04.25 nabeo
DL
HPC

PuTTYに深刻な脆弱性

弊社のサーバーを使用する場合、直接、ターミナルで使用する場合もあるかとは思いますが、手元のWindowsパソコンやノートから、PuTTYを使用してsshでログインして使用することがあるかと思います。2024年4月16日、このPuTTYに深刻な脆弱性があるとの報道が出ました。発端は、X(旧twitter)で、以下のようなPyttyに関する深刻な脆弱性に関する報告が出た事のようです。一番、分り易い記事としては、窓の社さんから、「「PuTTY」に秘密鍵が復元できてしまう深刻な脆弱性 ～「WinSCP」など他ツールにも影響」という記事が出ています。記事にもあるように、PuTTY 0.68からPuTTY...
2024.04.18 nabeo
HPC情シス
計算化学

GRRM20 with Matlantis の適用事例を掲載しました！

HPCシステムズ株式会社、Matlantis株式会社およびＥＮＥＯＳ株式会社が共同開発したGRRM20 with Matlantis。GRRM20 with Matlantisは、Matlantis™上でGRRMを用いることにより、革新的な計算速度で化学反応経路の自動探索を実現します。この度、ＥＮＥＯＳ株式会社から提供された適用事例をWebページにて公開いたしました。GRRM20 with Matlantisの有用性を示す結果が得られておりますので、是非ご覧ください！
2024.04.12 nabeo
計算化学
HPC

当社がビルドしたAmberの特徴

概要ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。今回、当社がビルドした Amber22 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのかをまとめたページを作成しました。こちらです。ビルドを通じてお客様の力になりますC/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて書くことなど何もないのでは？」と思われるかもしれません。実は、科学技術計算で用いられる...
2024.04.08 nabeo
HPC計算化学
HPC

当社がビルドしたQuantum ESPRESSOの特徴

概要ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。今回、当社がビルドした Quantum ESPRESSO 7.2 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのかをまとめたページを作成しました。こちらです。ビルドを通じてお客様の力になりますC/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて書くことなど何もないのでは？」と思われるかもしれません。実は...
2024.03.15 nabeo
HPC計算化学
HPC

当社がセットアップするRHELの特徴

概要今回、当社がセットアップしている System Integration Pack（SIP）構成時の RHEL 8系 OSについて、 どのようなソフトウェアを組み込んだのか どのようなOS設定を施しているのかをまとめたページを作成しました。こちらです。高性能で安定した使いやすいOSを目指して行っていることを記載しております。どうぞご覧ください。
2024.03.15 nabeo
HPC
HPC

当社がビルドしたLAMMPSの特徴

概要ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。今回、当社がビルドした LAMMPS 2 Aug 2023 update 1 GPU版 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのかをまとめたページを作成しました。こちらです。ビルドを通じてお客様の力になりますC/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて書くことなど何もないのでは？」と思われ...
2024.03.15 nabeo
HPC計算化学
DL

NVIDIA A800 MLベンチマーク公開

NVIDIA A800(40GB Active) の機械学習ベンチマーク報告書をこちらで公開しました。報告書の中では、NVIDIA A100 を加えた計2種のGPUで、機械学習の学習性能を比較評価しています。ベンチマーク報告書のダウンロードはこちら >>スペック情報NVIDIA A800、NVIDIA A100 のスペック比較表は次のとおりです。GPU型番NVIDIA A80040GB ActiveNVIDIA A10080GB PCIeアーキテクチャAmpereAmpereGPUベースクロック765 MHz765 MHzGPU Boost時クロック2100 MHz1410 MHzCUDAコア...
2024.02.06 nabeo
DL
HPC

SLC採用、高速NVMe™ SSD KIOXIA FL6 レビュー

はじめに今回、KIOXIA社が横浜に開設したKIOXIA Innovation Labを利用して、SLC(Single Level Cell)を採用した高速NVMe™ SSD、FL6をリモート評価させていただく機会をいただきました。 KIOXIA Innovation LabとはKIOXIA Innovation Labは、KIOXIA社が提供するクラウド型のKIOXIA製品PoC施設です。KIOXIA社の最新SSDや関連技術、ソフトウエアを評価できる環境を利用することが可能です。リモートからＶＰＮ接続しＷｅｂブラウザだけで利用可能でした。 KIOXIA FL6 NVMe™ SSDとは今回評価...
2024.02.06 hpc
HPC
産業用コンピューティング

Intel OpenVINO™でAIを加速させよう！ インストール編

Intel OpenVINO™とは Intel社が無償で提供する Intel OpenVINO™は、 Intel社製のCPU, Myriad, FPGA などを最適化し、コンピューター・ビジョン、自動音声認識、NLP などのディープラーニング・パフォーマンス向上に寄与します。ChainerやTensorFlowは学習も推論もできますが、OpenVINOは推論しかできません。そのため、学習済みモデルを他のフレームワークで作成し、Model OptimizerでOpenVinoが扱える形式に変換する必要があります。 メリット  Intel CPU(GPU)さえあれば良い 始めるにあたり情報が比較的...
2023.12.25 matsuo
産業用コンピューティング
HPC

AMDの新GPU Instinct™ MI300シリーズについて

AMDのAI 向け新GPU製品 Instinct MI300X および Instinct MI300Aの詳細が発表されました。 ネットでは取り上げられなかった 情報も交えて紹介いたします。■Instinct MI300Xについて図1 AMD Instinct MI300X 及び MI300AAMD InstinctMT MI300X は NVIDIA の H100 を凌駕するデータセンタ用の高性能 GPU です。すでに1月のCESの前日基調講演や6月の「Data Center and AI Technology Premiere」で発表されていましたが、今回サンノゼで開催された「AMD Adv...
2023.12.14 hpc
DLHPC
DL

RTX A5500、RTX 5000 Ada MLベンチマーク公開

NVIDIA RTX A5500 と RTX 5000 Ada の機械学習ベンチマーク報告書をこちらで公開しました。報告書の中では、これらのGPUに NVIDIA A6000 と RTX 4090 を加えた計4種のGPUで、機械学習の学習性能を比較評価しています。スペック情報NVIDIA RTX A5500、RTX 5000 Ada、RTX A6000、GeForce RTX 4090 のスペック比較表は次のとおりです。青文字は資料などからの推測値です。GPU型番NVIDIA RTX A5500NVIDIARTX 5000 AdaNVIDIARTX A6000GeForceRTX 4090アー...
2023.12.05 nabeo
DL
DL

NVIDIA L40S MLベンチマーク公開

NVIDIA L40S の機械学習ベンチマーク報告書をこちらで公開しました。報告書の中では、NVIDIA A100 を加えた計2種のGPUで、機械学習の学習性能を比較評価しています。ベンチマーク報告書のダウンロードはこちら >>スペック情報NVIDIA L40S、NVIDIA A100 のスペック比較表は次のとおりです。青文字は資料などからの推測値です。GPU型番NVIDIAL40SNVIDIA A100アーキテクチャAda LovelaceAmpereGPUベースクロック765 MHzGPU Boost時クロック2520 MHz1410 MHzCUDAコア数181766912TensorCo...
2023.12.04 nabeo
DL
HPC

Intel oneAPI 2024 がリリースされました

表題のとおり、intel社が開発・販売している開発用ソフトウェア、Intel oneAPIの新しいVersion、 Intel oneAPI 2024 がリリースされました。Intel oneAPIは、基本となる Intel oneAPI Base Toolkit に、用途に応じた Toolkit を追加するという構成になっています。本文章では、科学技術計算用アプリケーションを使用されているユーザーに多い、Intel oneAPI Base Toolkitに oneAPI HPC toolkitを加えた環境について話をしていきます。Intel oneAPI 2023から2024において変更点と...
2023.12.06 Rhinoceros
HPC
HPC

NVDIA A100搭載水冷静音ワークステーションの検証を始めました。（１）

はじめに昨今、HPCにおいてはCPU・GPUの演算性能が向上し、それに伴い必要な消費電力も増加しています。これにより、筐体内の熱を効果的に排熱する方法が課題となっています。この課題に対処する一つの方法として、水冷式が注目されており、当社でもデスクサイドに設置可能な水冷式ワークステーション『HPC5000-XSRGPU4TS-LC』の販売を開始しました。今回は、この装置の外観・内観、およびGPU BurnにおけるGPUの検証結果をご紹介いたします。スペック情報プロセッサー第4世代 インテル® Xeon® スケーラブル・プロセッサー(最大TDP 270W）プロセッサー搭載数最大2CPU(最大64コ...
2023.11.21 hpc
HPC
HPC

計算機もウソをつく ～丸め誤差について～

今回、倍精度浮動小数点演算時に発生する丸め誤差についてご報告します。みなさんには当たり前のこととおもいますが、HPC界は新参者の私には新たな発見の連続でした。ある件で、線形代数演算ライブラリBLAS,LAPACKのことを調べているときに、理化学研究所計算科学研究センタ中田さんが公開されている資料「線形代数演算ライブラリBLAS とLAPACKの基礎と実践 (I) BLAS, LAPACK入門編　」を拝見していました。この資料の中で、計算機の計算結果が、数学上の計算式と違うことがあるよ、こんなソースだよ、と教えてもらいました。ある数aにある数bを足して、ある数ｂを減らす計算。数式で表現すると(a...
2023.11.17 hpc
HPC
HPC

Schrӧdinger 向けGPUクラスタシステム導入事例

Schrӧdingerでシミュレーションを行っている製薬企業のお客様に、当社の計算機クラスタシステムをご導入いただいた事例を紹介します。Schrӧdingerは、最近ライセンス契約形態が変わり、GPU単位での課金からCUDAコア単位の課金になりました。そのため、計算手法とライセンスによっては、GPUを1枚そのままで使うよりも、MIGで分割して使ったほうがハードウェアリソース的にも経済的にも効率が良くなります。今回の場合では、　　Desmond         → GPUを1枚そのまま　　FEP+               → MIGで分割したGPUという運用が最適でした。さらに、ハードウェア...
2023.10.19 hpcs se team
HPC計算化学
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