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HPCシステムズのエンジニア達による技術ブログ

Tech Blog

2019-05

HPC

PDCP使ってますか?

ファイルだって並列でDistributeしたい前回のpdshには、pdcpというファイルコピーを複数のサーバーへ並列で行うユーティリティが存在します。これを用いれば、クラスターノードを増設で全てのマシンの/etc/hostsを更新したいとか、ライセンスサーバーのアドレスが変わったので静的ルートの設定ファイルを一斉に更新したいとか、そういうケースでコマンド一発でしかも並列実行できます。多数のファイルを一斉に送信できるという意味のパラレルではありませんのでご注意下さい。転送基本的に使い方はpdshと変わりません。-wや-gで標的となるホスト名やグループを指定します。次に展開するファイル名、コピー先...
HPC

PDSH使ってますか?

PDSHとはもともとIBMのクラスター管理ユーティリティ群だったClusterITの中にあったdsh(Distributed shell)のパラレル版です。dshは同じ処理を多数のマシンで行いたい場合に使うものですが、クラスターシステムの大規模化やスピードアップのために、並列動作に対応させたのがPDSHです。RHEL/CentOSではEPELリポジトリからインストール可能ですし、ビルド自体も難しくはありません。PDSHソースコード配布元はこちら。ここでは計算ノードがnode001からnode128まで128台あるとし、ログインしている管理ノードからは、全てのマシンにパスワードなしでsshでコマ...
HPC

第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:Gaussian

Gaussianは量子化学計算のアプリケーションで、この分野においてデファクトスタンダードとなっています。(公式HP)2018年4月3日時点での最新版は、Gaussian 16 rev.B01 となります。今回のベンチマーク環境は以下となります。 第2世代環境(第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ)第1世代環境(第1世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ)CPUXeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2Xeon Gold  6154 ( 3.0 GHz/18Core ) x 2Memory192 GB :16 GB( DDR4 293...
DL

深層学習ベンチマーク概論

深層学習の学習ベンチマーク 今回、私は2回目の投稿なのですが、もう書くことがなくなってきました。今回は深層学習のベンチマークの結果ではなく、うんちくを書いていきます。うんちくと言っても、私が持っているものは、正答率に関してではなく、学習速度に関するものとなります。学習速度について 学習速度は、主に演算デバイス(CPU、GPU)の処理速度、演算デバイスのメモリ速度、学習モデル、フレームワーク、バッチサイズ、演算デバイスのメモリ容量、演算デバイス間通信の速度、データアクセス速度などで変動します。ハードウェアは簡単に変更できないですが、ソフトウェアは比較的容易に変更が可能なので、もしかしたら役に立つ...
HPC

第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:VASP

VASPは密度汎関数法による平面波・擬ポテンシャル基底を用いた第一原理電子状態計算プログラムパッケージです。(公式HP)2018年4月3日時点での最新版は、Version 5.4.4 patch1 ( patch.5.4.4.16052018 ) となります。今回のベンチマーク環境は以下となります。 第2世代環境(第2世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ)第1世代環境(第1世代インテルXeonスケーラブルプロセッサ)CPUXeon Platinum 8268 x 2 ( 2.9GHz/24Core ) x 2Xeon Gold  6154 ( 3.0 GHz/18Core ) x 2Me...
HPC

第2世代IntelXeonスケーラブルプロセッサベンチマーク:Amber

今回ベンチマークを行うアプリケーションはAmberです。Amberは生体分子シミュレーション用アプリケーションです。(公式HP)Amber は 有償のSolverと無償のツール群(AmberTools)に分かれており、SolverのビルドにはAmberToolsのビルドも必要になります。2018年4月3日時点での最新版は、Amber(Solver)、AmberTools 、共にVersion 18となります。この Amber 18 & AmberTools 18 の組み合わせですが、インテル🄬 Parallel Studio XE 2018と相性が悪く、ビルド中に” このVersionのInt...