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HPCシステムズのエンジニア達による技術ブログ

Tech Blog

nabeo

HPC

Arm AGI CPU は HPC にも使えるか?

こんにちは!HPC事業部 技術グループのnabeoです。 週末にびっくりするニュースが飛び込んできました。Arm社が新しいCPUをローンチするとのこと。今までIP周辺に取り組んでいたArm社が、CPU自体も手掛けるという変化に衝撃を受けましたが、それに加えて、スペックもハイエンドな内容になっているので、HPCに身を置く者として気になって調査しています。上記ページでは、Agentic AIのワークロードを捌くストーリーが謳われていますが、HPC にも使えたら楽しいかな...?(※著者は新しいCPUが出るとHPLとかでベンチマークしたくなる病気を患っているようです) スペック特徴を見てみる ...
計算化学

弊社主催GRRM/GRRMmapチュートリアルセミナー

こんにちは!HPC事業部 技術グループのnabeoです。 弊社のメールニュースを受信いただいている方には3/12に募集開始のメールが届いていると思います。受信していなかった...!! という方のために、こちらの Tech Blog でもご紹介いたします。GRRM経験10年以上の弊社技術員によるGRRMとGRRMmapのセミナーです。お申込みをお待ちしております! セミナー概要 名称:GRRM/GRRMmapチュートリアルセミナー 主催:HPCシステムズ株式会社 GRRMの基本的な使い方を座学および実習形式で学べます。GRRMユーザーはもちろん、これからGRRM導入をご検討中の方も大歓...
計算化学

GRRMでxTBを使ってみる

こんにちは!HPC事業部の技術グループのnabeoです。 半経験的タイトバインディングのソフトウェア xTB は、軽量な量子化学計算エンジンとして様々な論文で見かけるようになりました。そこで、GRRMがxTBを使うように連携させて反応経路探索をやってみたところ、一晩で1万個を超える分子構造を探索することができました。以下では、その構築/実行方法と結果を書いています。 環境構築 今回は AlmaLinux 9.6 に GRRM23 がインストールされている計算機を使いました。 xTB のインストール まずxTB 自体を計算機にインストールします。xTB のLinux用コンパイル済バイナ...
HPC

インテル Xeon 6 プロセッサー ベンチマーク

概要 2025年2月24日(日本時間25日)、インテル🄬 Xeon🄬 6 プロセッサー(P-core採用6900/6700/6500シリーズ、開発コード名:Granite Rapids)がリリースされました。Intel 3製造プロセスにより微細化されて、1ソケットに最大72~128コア(SKUによって異なります)と、最大504MBの大容量 LLCを搭載可能になりました。さらに、1ソケットあたりのメモリチャンネル数が12本へ増加し、転送レートDDR5-6400 MT/sをサポートした他、新たに、より広帯域なDDR5-8800 MT/sのMultiplexed Rank DIMM(以下、MRDI...
HPC

GRRM と UMA で反応経路探索してみた

UMAとは Meta社のUMA(Universal Model for Atoms)は、Meta社のFAIR(Fundamental AI Research)チームが開発した、分子や材料の化学特性を原子レベルで予測するための汎用AIモデルです。UMA には次の特徴があります。 汎用性:薬剤開発、電池材料、触媒研究など、幅広い分野に対応します。 高速性:従来の分子シミュレーションが数日かかっていたのに対し、UMAでは数秒で完了可能です。 高精度:従来の専用モデルと同等以上の予測精度を持ちます。 UMAは、Metaが公開した大規模な量子化学データセット「Open Molecule 202...
計算化学

Winmostar TechDay 2025 が 6/2 に開催されます!

Winmostar開発元の株式会社クロスアビリティ主催で Winmostar TechDay 2025 が 2025年6月2日(月) に開催されます! Winmostar は弊社の(オンプレミスの)お客様にWindowsワークステーションにおける計算化学GUI として多用されているほか、弊社サイエンスクラウドへのリモートGUIクライアントとしても利用実績があり、定評があります。 このイベントでは、原子スケールのシミュレーション環境を提供する統合GUIソフトウェアであるWinmostarのユーザ様および導入検討中の方向けに、Winmostarおよび計算化学技術の最新情報が提供...
DL

L40S, H100 NVL上でのLLM推論学習検証報告

目的 ローカルLLMを用いた生成AI活用に向けて、推論を中心としたパフォーマンス(体感速度、同時アクセス数)を明らかにすべく、ベンチマーク検証を行いました。 ハードウェアの決定のために最低限必要な情報は「どのGPUを何枚で」どのモデルが動くかです。 対象モデルは、現状精度の高い Llama 3.1 8B、Llama 3.1 70B、Gemma 2 9B、Gemma 2 27B としました。 検証・結果 ユーザーの体感速度 検証方法 各条件で1つのRequestを処理した際の、Throughput (token/sec) を計測 対象モデル:Llama 3.1 8B, ...
DL

高速なDNN学習計算のためのハードウェア構成ポイント

概要 深層学習にGPUが好適とよく言われていますが、比較的安価なGPUからハイエンドのものまで様々なGPUがある中で、深層学習計算の高速化にどのようなハードウェア構成が適しているのでしょうか。GPUのスペックを見ると、理論性能値に加えてGPUメモリ容量、GPUメモリ帯域幅も様々ですし、複数GPU間の高速通信を可能とするNVLinkもあります。これらの選択肢がある中で、どの指標を優先的に考慮すべきなのでしょうか。 本稿では、DNNの学習計算について、ベンチマーク結果からその答えを導いてみます。 ベンチマーク環境 本稿で用いるデータは弊社内で過去に取得したベンチマークからとなりますため、2...
計算化学

GRRM20 with Matlantis のPoCを受け付けています!

8/21開催の弊社ワークショップ に聴講をお申込みいただいたお客様の中には、「GRRM20 with Matlantis でどんなことが出来るんだろう?」「性能がどの程度なんだろう?」などとGRRM20 with Matlantisが気になってお申込みになられた方もいらっしゃるかもしれません。 そのような方に朗報です! GRRM20 with Matlantis を実際に使って検証を行える有償PoC(Proof of Concept ; 概念検証)を受け付けています! 1か月と3か月のPoCプランをご用意しております。PoC用途の期間限定のGRRM20 with Matlantisを購入...
HPC

第5世代 インテル Xeon スケーラブル・プロセッサー ベンチマーク

ベンチマーク報告書(PDF)のダウンロードはこちらからどうぞ! 概要 2023年12月14日(日本時間15日)、第5世代 インテル🄬 Xeon🄬 スケーラブル・プロセッサー(開発コード名:Emerald Rapids)がリリースされました。「Intel 7」製造プロセスにより微細化されており、1ソケットに最大64コアを搭載可能になったことに加え、CPU間のUPI接続速度が20 GT/sに向上しました。また、コア間で共有されるLast Level Cacheの容量が320MBに拡大し、メモリアクセスを多用するAI・HPCワークロード向けに機能強化されています。さらに、新たにDDR5-5600...
HPC

当社がビルドしたGAMESSの特徴

概要 ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。 今回、当社がビルドした GAMESS September 30, 2023 R2 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 ビルドを通じてお客様の力になります C/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて...
DL

NVIDIA GH200 MLベンチマーク公開

NVIDIA GH200 の機械学習ベンチマーク報告書をこちらで公開しました。報告書の中では、NVIDIA H100-PCIEと A6000 を加えた計3種のGPUで、機械学習の学習性能を比較評価しています。 ベンチマーク報告書のダウンロードはこちら >> スペック情報 NVIDIA GH200、NVIDIA H100-PCIE、NVIDIA A6000 のスペック比較表は次のとおりです。 GPU型番 NVIDIA GH200 NVIDIA H100-PCIE NVIDIA A6000 アーキテクチャ Hopper Hopper Amper...
HPC

PuTTYに深刻な脆弱性

弊社のサーバーを使用する場合、直接、ターミナルで使用する場合もあるかとは思いますが、手元のWindowsパソコンやノートから、PuTTYを使用してsshでログインして使用することがあるかと思います。 2024年4月16日、このPuTTYに深刻な脆弱性があるとの報道が出ました。発端は、X(旧twitter)で、以下のようなPyttyに関する深刻な脆弱性に関する報告が出た事のようです。 一番、分り易い記事としては、窓の社さんから、「「PuTTY」に秘密鍵が復元できてしまう深刻な脆弱性 ~「WinSCP」など他ツールにも影響」という記事が出ています。 記事にもあるように、PuT...
計算化学

GRRM20 with Matlantis の適用事例を掲載しました!

HPCシステムズ株式会社、Matlantis株式会社およびENEOS株式会社が共同開発したGRRM20 with Matlantis。GRRM20 with Matlantisは、Matlantis™上でGRRMを用いることにより、革新的な計算速度で化学反応経路の自動探索を実現します。 この度、ENEOS株式会社から提供された適用事例をWebページにて公開いたしました。 GRRM20 with Matlantisの有用性を示す結果が得られておりますので、是非ご覧ください!
HPC

当社がビルドしたAmberの特徴

概要 ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。 今回、当社がビルドした Amber22 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 ビルドを通じてお客様の力になります C/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて書くことなど何もないのでは?」と思われるか...
HPC

当社がビルドしたQuantum ESPRESSOの特徴

概要 ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。 今回、当社がビルドした Quantum ESPRESSO 7.2 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 ビルドを通じてお客様の力になります C/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドについて書くことなど何も...
HPC

当社がセットアップするRHELの特徴

概要 今回、当社がセットアップしている System Integration Pack(SIP)構成時の RHEL 8系 OSについて、 どのようなソフトウェアを組み込んだのか どのようなOS設定を施しているのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 高性能で安定した使いやすいOSを目指して行っていることを記載しております。どうぞご覧ください。
HPC

当社がビルドしたLAMMPSの特徴

概要 ソースコードで配布されているソフトウェアをコンパイル・リンクして計算機上で問題なく動作可能とする行為を「ビルド」と呼んでいます。 今回、当社がビルドした LAMMPS 2 Aug 2023 update 1 GPU版 について、 どのようなソフトウェア/機能を組み込んだのか どんなテストを行い、その結果はどうだったのか どんなトラブルがあったのか、どう解決したのか をまとめたページを作成しました。こちらです。 ビルドを通じてお客様の力になります C/C++ や Fortran のソースコードを自分でコンパイルしたことのある方にとっては、「わざわざビルドに...
DL

NVIDIA A800 MLベンチマーク公開

NVIDIA A800(40GB Active) の機械学習ベンチマーク報告書をこちらで公開しました。報告書の中では、NVIDIA A100 を加えた計2種のGPUで、機械学習の学習性能を比較評価しています。 ベンチマーク報告書のダウンロードはこちら >> スペック情報 NVIDIA A800、NVIDIA A100 のスペック比較表は次のとおりです。 GPU型番 NVIDIA A800 40GB Active NVIDIA A100 80GB PCIe アーキテクチャ Ampere Ampe...
DL

RTX A5500、RTX 5000 Ada MLベンチマーク公開

NVIDIA RTX A5500 と RTX 5000 Ada の機械学習ベンチマーク報告書をこちらで公開しました。報告書の中では、これらのGPUに NVIDIA A6000 と RTX 4090 を加えた計4種のGPUで、機械学習の学習性能を比較評価しています。 スペック情報 NVIDIA RTX A5500、RTX 5000 Ada、RTX A6000、GeForce RTX 4090 のスペック比較表は次のとおりです。青文字は資料などからの推測値です。 GPU型番 NVIDIA RTX A5500 NVIDIA RTX 5000 Ada ...