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HPCシステムズのエンジニア達による技術ブログ

Tech Blog

fujita

HPC

スーパーコンピュータ「富岳」が四冠を取ったので、HPCGを動かしてみた

なんかこう一昔前の動画サイトの題名みたいな感じですね。 スーパーコンピュータ「富岳」が四冠を連続達成です。四冠というと、棋士の藤井さんの方がインターネットサーチエンジンではヒットしてしまうので、勝負飯のお店で「富岳」なんてお店があったのかなんてまとめサイトに載せられそうにも思ったりしますが、まあ、勝負には違いはないので、将棋と外食メニューよりは近いお話です。 この「富岳」の四冠ですが、Linpack(HPL)はあまりに身近で実際に動かす機会も多いのですが、HPCGというのは何でしょう。 このサイトがHPCGのホームページで、現在の最新バージョンは3.1です。このHPCGには色々な特徴...
HPC

numpyにおけるCPU最適化

IcelakeはRHEL、CentOS や AlmaLinuxなど、RHEL8系からの対応という事で、RHEL8系へのOSの変更といった事例が増えています。RHEL8系ならではの様々な違いなどもありますが、困ってしまうのがpythonの扱いです。RHEL8系はOSの管理用のpythonとユーザー環境用のpythonが分れているなどの違いもありますが、python2のサポート終了に関係して、site-packageを入れたrpmパッケージが少ないなどもあり、OS付属のpython2.7を使用するのは如何なものか、というのが実際のところです。 いやいや、python3を使えばいいじゃないというの...
計算化学

MPI or openMP

DFTB+という電子特性を研究する為の量子シミュレーションプログラムがあります。 ごく偶にお問い合わせがある古くからあるアプリです。 色々な事が出来るのですが、研究分野を離れたところで興味深い点がありまして、それは、元々、並列をOpenMPで実装していたという点です。 ver17.1までは、OpenMPだけで実装されていました。 ところが、ver19.1でなんとMPIも実装されたという事で、比較試験を行なってみました。 手頃な計算時間のかかるインプットはないかいなという事で、レシピというサンプルの中の2D carbon armchairのv1 densityを求めるインプット...
HPC

ARMでGROMACS

HPCチャレンジを動かして、大まかなARMのcpuの性格が分ったという事で、では、実アプリじゃどうなのか、という話になりました。 OSは共通、さらに、gccやclang、flangが使用可能という事で、ソースがあるlinux上の大抵のアプリはポート出来るとは思いはするものの、やはり、ポーティングされた例が多いものである方が成功する可能性は高いと考えられます。ポーティング例が多く、ソースが付属しているとなると、やはりOpenSouce系のアプリが良いでしょう。という訳で、gromacsをビルドして動かしてみる事にしました。 gromacsを選択する理由として 1、OpenSour...
HPC

ARMでHPCチャレンジ

ARM64のWSが評価用に入った訳なんですが、 まずは軽いベンチでも行なおうという事で、HPCチャレンジベンチマークをやってみる事にしました。 HPCチャレンジベンチマークは にある7つのベンチマークを行なってスパコンの性能を調査するベンチマークで、京がHPCチャンレンジ賞を取った事とか、古くは地球シミュレーターでMPIFFTでトップに立った話などを聞き及んだ事があるかと思います。 大型クラスター向けのベンチマークなので、1台のマシンで取っても仕方ない面はあったり、STAR◯◯というベンチマーク結果の説明が少なかったり、結果が盛り難いという難点?があったりはするのですが、複数の視点か...
HPC

ARM WSが求められる訳

ARMで動きそうなもの、開発してねという依頼が来ました。 最初、Raspberry Piでも使うのかと吃驚しましたが、そうではなく、ARM64のWSでという事でした。色々、ARMに関しては動きがありますが、 ・アップルが次世代CPUにARMを採用するのではないかという推測が出ているらしい事。 ・マイクロソフトがARMで動くwindowsを開発した事。 ・ARMをソフトバンクが購入した事。 一般的なトピックとしてはこれらが有名かなと思います。 ARMは、組み込みの分野で大きなシェアを持っていますが、一般的な知名度では、スマホのCPUとして知られているかなと思います。 スマホ、携帯電...