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HPCシステムズのエンジニア達による技術ブログ

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HPC

Linuxサーバー管理セミナー 受講者募集しています!

(👆このバナーをクリックするとセミナー申込ページへ飛べます)こんにちは!HPC事業部 技術グループのnabeoです。「研究室のLinuxサーバー管理を任されたけれど、何から手をつければいいかわからない…」本セミナーは、そんな学生の皆さんのためのLinuxサーバー管理者養成セミナーです。Linuxサーバー管理者が担当する基本的な業務について、座学形式で2時間+2時間の計4時間に凝縮して解説します。計算機を安全かつ効率的に運用するための「管理者の役割」を学び、研究活動を支える確かなスキルを身につけましょう!▼セミナー名称【大学院生向け】Linuxサーバー管理セミナー 〜基礎知識からトラブルシューテ...
HPC

自社サーバーでのLLMに挑戦!ローカルLLM+RAG環境を構築してみた

はじめに近年、生成AIや大規模言語モデル(LLM)の活用がビジネス・研究・開発の現場でも急速に進んでいます。しかし、「実際にどう使えばいいのか分からない」「技術的なハードルが高そう」「セキュリティ上のリスクが高い」「回答の確からしさが保証できない」と感じている方も多いのではないでしょうか。 本記事では、LLMの概要からセキュリティ・カスタマイズ性に優れたローカルLLMの実践、RAGの実装までを解説します。 大規模言語モデル(LLM)とRAG (Retrieval-Augmented Generation)とは大規模言語モデル(LLM)は、膨大な量のテキストデータを学習することで、人間の言語を理...
HPC

VASP:事前/事後処理に使うソフトウェアの紹介

はじめにこの記事では、GUI上で操作できる無償のものを中心に、VASPの事前・事後処理を行うソフトウェアを紹介します。入力ファイルを入手するVASPで計算を行うためには以下4つの入力ファイルを用意する必要があります。 POSCAR 対象となる物質の結晶構造データ POTCAR 物質中の各原子の擬ポテンシャルデータ INCAR 計算方法などの設定 KPOINTS 計算するk点の設定初めて利用される方がこれらのファイルをいきなり自作するのは大変です。そこでまずは, 以下のデータベースから目的の物質を探し、入力ファイルを入手することをお勧めします。 Materials Project ユーザー登録は...
HPC

VASP:結果の可視化について

はじめにVASPは密度汎関数理論(Density Functional Theory: DFT)に基づいて電子状態を計算するソフトウェアです。擬ポテンシャル法を採用しており、全電子計算を行うWIEN2kなどのソフトウェアに比べて高速に計算できます。また、精度に関しても良い成績を残しており、様々な分野で広く使われています。しかし一方で、VASPの出力形式は状態密度(Density of state: DOS)・バンド分散・フェルミ面などの基本的な解析結果を可視化しづらく、計算実行後に出力ファイルを編集する手間が必要です。この点はQuantum ESPRESSOの方がユーザーフレンドリーな設計にな...
計算化学

GROMACS チュートリアル 水のMD サンプリング

簡単な水のMDを用いて、GROMACSの使い方をおさらいします。このステップでサンプリングを行います。
計算化学

GROMACS チュートリアル 水のMD NVT

簡単な水のMDを用いて、GROMACSの使い方をおさらいします。このステップではNVTにより、系の温度を室温程度にします。
計算化学

GROMACS チュートリアル 水のMD エネルギー最小化

水を用いた簡単なMDを用いて、GROMACSの使い方をおさらいします。このステップではまず、エネルギー最小化を行います。
計算化学

GROMACS チュートリアル 水のMD 導入

最も簡単なGROMACSのMDの例として、水(溶媒のみ)のMDを実行してみます。