Amber

Amberは米カリフォルニア大学のP. A. Kollmanらのグループにより開発された、生体分子の分子動力学(MD)計算のための力場群であり、またこれらの力場をシミュレーションするためのMDプログラム群です。現在は、米ラトガース大学のD. A. Caseらによるグループにより維持・管理されています。プログラム群は、入力準備プログラム・シミュレーションプログラム・結果解析プログラムに大別されます。GPUのみならず、最新Xeon Phiプロセッサーにも最適化されたAmber16が2016年4月にリリースされました。

Status

http://ambermd.org/AmberPatches.php

Amber18 Updates (April, 2018)

update.1: Adds an error message to pmemd when users run REMD and the box sizes are not the same across all replicas.
update.2: Fix in pmemd the neighbor pairs inside the pH and redox potential dimensions on multidimensional REMD simulations.
update.3: This update fixes the following:
Corrects REMD error trap for different box sizes in pmemd to account for non-periodic systems.
Bugfix in pmemd to properly restart MultiD-REMD simulations with two or more pH, redox potential or temperature dimensions.
update.4: Major update to pmemd.cuda, fixing various bugs. See the GPU Patches page for a full description.
update.5: Adds support for MC and Berendsen barostats in order to run the benchmark suite in the midpoint code. Additionally improves dynamic memory allocation.
update.6: Fix rare non-reproducibility issue in pmemd.cuda.

Version 18 (April, 2018)

update.1: Fix compilation of cpptraj with Intel compilers on older systems.
update.2: Adds an error message to sander when users run REMD and the box sizes are not the same across all replicas.
update.3: Fixes typo in genremdinputs.py’s help message, and corrects E,pH,T-REMD and pH,T-REMD tests affected by Amber18’s update.2.
update.4: Fixes test for boost libraries need by packmol_memgen.
update.5: Fixes a memory leak in NAB/libsff programs.
update.6: Updates the sample rism1d mdl files, to reflect up-to-date ion parameters.
update.7: Updates the configure script to allow cuda version 9.2 to be used.
update.8: This update fixes the following:
Corrects REMD error trap for different box sizes in sander to account for non-periodic systems.
Bugfix in sander to properly restart MultiD-REMD simulations with two or more pH, redox potential or temperature dimensions.
Corrects one Amber test affected by the bugfix.
Fixes typos in fitpkaeo.py and genremdinputs.py.
update.9: Companion patch to the Amber update.4, updating the configure script (which is a part of AmberTools). This patch only affects pmemd.cuda.

特長

溶媒理論3D-RISMとハミルトニアンレプリカ交換法が実装されたことで、計算の精密さが増し、かつより大規模な系での計算が可能となりました。また、構造立脚型の創薬に用いられています。細胞内の環境を再現し、結合自由エネルギーを定量的に求めることができます。GAUSSIANとの連携も可能です。

Amberの基本機能

  • 自由エネルギー摂動法や熱力学的積分法などによる自由エネルギー計算
  • 溶媒中での自由エネルギー計算
  • エネルギー極小化計算
  • MDシミュレーション
  • 原子間距離や角度の算出
  • 温度因子(B-factor)の算出
  • 構造変化や構造の揺らぎをみる根平均2乗偏差(RMSd)の算出

関連情報

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