QMMM plus 2

化学計算ソフトウェアで有名なAMBER、GROMACS、Gaussian に
誰もが簡単に使えるよう機能をプラス!
シミュレーションが手軽にできるようになります。

特徴

Version 2.0の新機能
  • 複数種類の分子の混合溶媒が扱えるようになりました。
  • Gaussianユーザ向けの機能が充実しました(一括編集機能や統計解析機能など)。
  • レポート機能が追加されました。
  • 使用するコア数に上限を設定できるようになりました。
  • ジョブ管理ソフトを使用しない並列・並行計算が可能になりました。
  • 計算のリスタート機能が追加されました。
  • AMBER14がインストールされていない環境(AmberTools14のみがインストールされている環境)に対応しました。
  • sanderを機能拡張し、任意の量子化学計算ソフトウェアに対応しました。

機能

使い方

自動計算プログラム SOLUTION の使い方を説明します。

1. 分子を作成します

溶質分子や溶媒分子はGaussViewなどで使い慣れたツールで作成することができます。

2. 計算条件を設定します

分子構造ファイルと分子数を指定し、温度などの計算条件を指定するだけで、設定完了です。

MD計算に詳しい方であれば、MD計算過程の細かい指定も可能です。

計算条件ファイル。詳細に設定することも可能(右)
3. 計算を実行します

コマンドはたった1行。あとは計算が終わるまで待つだけです。

計算結果はHTML形式で出力されますので、ブラウザで一覧することができます。

計算データはタブ区切りの数値データファイルとして出力されますので、お使いの表計算ソフトウェアなどを使って表示・加工することができます。

計算例

仕様・価格

動作環境

Red Hat Enterprise Linux 6.x または CentOS 6.x、および、下記ソフトウェア

ソフトウェア
Python 2.6
LSF, LAVA, Grid Engine
のいずれか※1
Gaussian09※2
AMBER14※3
AmberTools14
GROMACS 4.6または5.0
acpype.py
Open Babel 2.x※4
Gnuplot※5
Image Magick※5

◎=必須 ○=推奨
※1 複数ノードで計算する際に必要になります。プログラム内で呼び出されるAMBER等の外部プログラムがジョブスケジューラによって投入されます。
※2 力場処理(原子電荷)の精度が向上します。また、ab initio QM/MMによるMD計算や解析計算をする場合に必要になります。
※3 古典MD計算が高速化されます。
※4 Open Babel 2.2.3にて動作確認しています。
※5 グラフ画像の自動生成をする際に必要になります。gnuplot 4.2 patchlevel 6, ImageMagick 6.5.4-7 にて動作確認しています。他のバージョンでは正常動作しないことがあります。

構成内容

機能ツール名 説明
MD自動計算 SOLUTIONMD計算や量子化学計算を活用した溶液シミュレーションの実行※1
sander_plusSanderの機能拡張版※2
MD解析AMBINFOAMBERのアウトプットファイルから情報を抽出
GMXINFOGROMACSのアウトプットファイルから情報を抽出
TRJ2GJFAMBERトラジェクトリからGaussianインプットを作成
量子化学ツールGAUEDIT複数のGaussianのインプットファイルを一括編集
GAUCUBE複数のGaussian cubeファイルから平均分布のcubeファイルを生成
GAURUN
GJOB
GJOB-KILL
複数のGaussianインプットファイルをジョブ投入
量子化学解析GAUINFO複数のGaussianのアウトプットファイルから情報を抽出
レポート-解析結果を成形して出力
(SOLUTION, AMBINFO, GMXINFO, GAUINFOに装備)

※1 Sander plusをGaussianと組み合わせて使用するためのsander_plus補助プログラム(名古屋大学長岡研究室)が付属します。
※2 Sander (AmberTools14) に任意の量子化学計算ソフトウェアを接続するための機能を追加したものです。AmberTools14のライセンスに基づき、GPL (GNU General Public License) での提供となります。

価格

QMMM plus
100万円 / 1ノード
( アカデミック 40万円 )

※ 表示価格は税抜価格です。
※ 保証期間は購入後1年間となります。ソフトウェアの活用方法に関するサポートは別途「QMMM plus 使い方サポート」をご利用ください。

サポートオプション

QMMM plus 使い方サポート
メールサポート出張サポート
内容質問メール対応(ひと月あたり4回)
    +
使い方セミナー受講(初回のみ) ※1
対面での質問対応 ※1
価格80万円/年25万円/日 (10時~18時)

※1 遠隔地での実施の場合は別途出張費が発生することがあります。

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