計算化学 ソフトウェア

よくある質問

ご購入前の質問

Reaction plusとReaction plus Proの違いを教えてください。

Proは従来のReaction plusに比べ、非常に高速であることが大きなメリットです。その他、Gaussianに搭載されているほとんどの計算方法が使えることや、インプットに複数の中間構造を指定することで複雑な反応に対応できる点も有用です。
一方、従来のReaction plusの優位点は費用が安く抑えられることにあります。また、動作要件としてGaussianは不要のため、Reaction plus単体の費用で計算を始めることができます。

アカデミックパッケージに機能制限はありますか？

ソフトウェアの機能において制限はありません。ただし、研究成果を論文等で公開の際には本ソフトウェアを使用した旨を記載してください。

Gaussian 16には対応していますか？

対応しています。動作検証の結果、正常に動作することが確認されました。

カタログはありますか？

カタログや計算事例集は、こちらのページからダウンロードできます。

体験版はありますか？

はい。期限付のライセンスを発行させていただいております。詳細につきましては、お問い合わせ下さい。

リース契約は可能ですか？

通常は買い取りにてのご購入となっておりますが、お客様のご都合に合わせて提案することは可能です。お問い合わせください。

サポートはありますか？

有償サポートをご用意しております。詳細はこちらをご覧ください。

どのくらいのスペックの計算機が必要ですか？

CPUコア数を重視した計算機構成をおすすめします。参考に、計算例のWittig反応(16ビーズ)では、Intel Xeon E5-2690 2.90GHz×2(16コア)搭載の計算機で計算時間は1時間19分(最適化サイクル=62回)でした。

GUI（グラフィカルユーザインターフェース）は付属しますか？

付属しません。本ソフトウェアはコンソールアプリケーションです。インプットファイルの作成や化学反応の可視化については、GaussViewなどのソフトウェアをご利用ください。

バージョンアップは有償ですか？

マイナーバージョンアップに関しましては、保証期間内に限り無償でアップデート可能です。アップデート方法につきましては、リリース時にメールにてご案内いたします。

Reaction plusの機能に関する質問

ONIOMは使えますか？

今のところ未対応です。

溶媒効果を入れた計算はできますか？

PCMなど、Gaussianが対応している溶媒効果モデルで計算ができます。

原子電荷を見ることはできますか？

GaussViewにて Results → Charge Distribution… より表示することができます。(本機能は実験的機能のため、予告なく変更されることがあります。現バージョンではNPA電荷を計算した場合であっても、その値をMulliken電荷として表示します。)

GRRMとの違いについて教えてください。

本ソフトウェアでは狙った1つの反応経路を最適化するため、計算速度は非常に速く、比較的大きな分子の計算も可能です。一方、GRRMではすべての反応経路を全探索するため、人間業では対応の難しいきわめて複雑な反応経路の探索に向いています。その反面、計算コストが莫大となるため、大きな分子の経路探索には大型計算機が必要となります。

トラブルシューティングに関する質問

計算が走らないのですが？

a) Reaction plusおよびGaussianが正しくインストールされていることを確認してください。
b) プログラムのインストール先やインプットファイルのパスに、全角文字や半角カナ等が含まれないようにしてください。
c) ライセンスファイルが正しいディレクトリに置かれていることを確認して下さい。

実行直後に終了してしまうのですが？

a) ルートセクションのキーワードが正しく与えられているか、再度ご確認ください。
b) フォーマットを確認してください。タイトル→座標→タイトル→座標→…のようにタイトルと座標を交互に入力する必要があります。
c) インプットとして3構造以上を指定する場合は、NGeomキーワードを指定してください。

計算中にエラー終了してしまうのですが？

a) 計算手法や分子構造が適切ではないと、エラーとなることがあります。
b) Gaussianのスクラッチディレクトリにファイルがたまっている状態では、ファイル名が被り、エラーとなることがあります。スクラッチディレクトリを空にしてください。
c) 本プログラムは、始状態・終状態の間に遷移状態があることを前提としています。エネルギーポテンシャルを単調に登るだけ、下るだけの反応の場合、正しく動作しないことがあります。
d) 入力した始状態・中間状態・終状態の間を線形に補間してビーズを生成させています。補間の際に原子間距離が近づきすぎるなど構造がおかしいとき、正しく動作しないことがあります。
e) セキュリティソフトの影響で計算が停止することがあります。
特に、Windows版をGaussian 09 Revision C.01のソフトウェア環境で利用した際に動作不良となるケースが報告されています。Gaussianスクラッチファイルの拡張子scrがスクリーンセーバーに関連付けられている場合、この関連付けを解除することで不具合を回避できる可能性があります。（なお、Revesion D.01、 E.01ではスクラッチファイルの拡張子はskrに変更されています。）

途中で計算を停止させたいのですが？

for Linux
a) コマンドラインにて実行させた場合は、計算停止プログラムkilltreeを使用して停止させてください。
b) ジョブスケジューラを使用して実行させた場合は、ジョブ停止コマンド（bkillやqdel）を使用して停止させます。
c) 手動で停止させる場合は、reactg → g09 → l???.exeの順に停止させてください。

for Windows
a) kill-reactg-g09.batをダブルクリックしてください。停止処理が完了すると、自動的にコマンドプロンプトウィンドウが閉じます。（※ kill-reactg-g09.batはWindowsバッチファイルです。reactg.exe,g09.exe,l502.exeなどのプログラムを強制停止します。環境に合わせて編集して使用してください。）
b) 手動で停止させる場合は、タスクマネージャーより、reactg → g09 → l???.exeの順に停止させてください。

計算結果が思わしくありません。

a) 始状態・終状態の構造が最適化構造（または、反応経路上の構造）ではないとき、正しく求まらないことがあります。
b) 始状態・終状態の構造だけを与えると、反応経路初期値として始状態と終状態を直線的に結ぶ経路が選ばれますが、そのような経路が初期値として不適切である可能性があります（例えば、cis-スチルベンからtrans-スチルベンへの異性化反応など）。その場合は、３点目として中間状態を適切に指定してやる必要があります。
c) 始状態・終状態・中間状態の分子構造において原子のラベル番号の対応が適切でないと、不適当な反応経路や遷移状態構造を与えることがあります。
d) 始状態・終状態・中間状態の座標軸が適切でないと、不適当な反応経路や遷移状態構造を与えることがあります。FitAxisオプションを利用するか、手動で座標軸を合わせてください。
e) インプットの分子構造を始状態→中間状態→終状態の順に指定していませんか？　正しくは、始状態→終状態→中間状態の順です。
f) 本プログラムではビーズの動きが十分小さくなったと判断した時に収束したとみなし最適化が終了しますが、化学的な観点からは収束が十分でないことがあります。その場合は、調べたい構造（例えば遷移状態構造）前後の構造を両端構造として再計算するなど、局所的な反応経路の精査を行ってみてください。
g) 本ソフトウェアは短時間で反応経路を求めることを目的としているため、厳密な安定性解析は行っておりません。精確な遷移状態を得たい場合はReaction plusで求まった構造をもとに、Gaussianなどの量子化学計算ソフトウェアにて遷移状態最適化計算やIRC計算を行ってください。

その他の質問

Reaction plus Proを分子研のスパコンで使うことはできますか？

従来版のReaction plusは分子研で無償利用できますが、Proは利用できません。