ソフトウェア

世界中で用いられている生体分子シミュレーションソフトウェアであるAmberをビルド・実行をするために必要な関連ツール群です。無料(ライセンス: GPL、一部LGPL)でダウンロードすることが可能です。
構成されているツールは例えば、antechamber/MCPB、3D-RISM、sander、cpptraj/pytrajおよびMMPBSA/amberliteがあります。


antechamber and MCPB: programs to create force fields for general organic molecules and metal centers
3D-RISM: solves integral equation models for solvation
sander: workhorse program for molecular dynamics simulations
cpptraj and pytraj: tools for analyzing structure and dynamics in trajectories
MMPBSA.py and amberlite: energy-based analyses of MD trajectories