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Solution plus for AMBER

分子動力学ソフトウェアで有名なAMBER に誰もが簡単に使えるよう機能をプラス!
シミュレーションが手軽にできるようになります。

特徴

機能紹介

使い方

MD自動計算プログラム SOLUTION の使い方を説明します。

1. 分子を作成します

溶質分子や溶媒分子はGaussViewなどで使い慣れたツールで作成することができます。

2. 計算条件を設定します

分子構造ファイルと分子数を指定し、温度などの計算条件を指定するだけで、設定完了です。

MD計算に詳しい方であれば、MD計算過程の細かい指定も可能です。

計算条件ファイル。詳細に設定することも可能(右) ※ 図はQMMM plusのものです。量子化学解析には対応しておりません

3. 計算を実行します

コマンドはたった1行。あとは計算が終わるまで待つだけです。

計算結果はHTML形式で出力されますので、ブラウザで一覧することができます。

計算データはタブ区切りの数値データファイルとして出力されますので、お使いの表計算ソフトウェアなどを使って表示・加工することができます。
※ 図はQMMM plusのものです。量子化学解析には対応しておりません

仕様・価格

構成内容

機能ツール名説明
MD自動計算 SOLUTIONMD計算や量子化学計算を活用した溶液シミュレーションの実行
MD解析 AMBINFOAMBERのアウトプットファイルから情報を抽出
レポート-解析結果を成形して出力
(SOLUTION, AMBINFOに装備)

動作環境

Red Hat Enterprise Linux 6.x または CentOS 6.x、および、下記ソフトウェア

ソフトウェア
Python 2.6
LSF, LAVA, Grid Engine
のいずれか※1
Gaussian09※2
AMBER14※3
AmberTools14
GROMACS 4.6または5.0
acpype.py
Open Babel 2.x※4
Gnuplot※5
Image Magick※5

◎=必須 ○=推奨

※1 複数ノードで計算する際に必要になります。
※2 力場処理(原子電荷)の精度が向上します。
※3 古典MD計算が高速化されます。
※4 Open Babel 2.2.3にて動作確認しています。
※5 グラフ画像の自動生成をする際に必要になります。gnuplot 4.2 patchlevel 6, ImageMagick 6.5.4-7 にて動作確認しています。他のバージョンでは正常動作しないことがあります。

価格

Solution plus for AMBER
80万円

※ 表示価格は税抜価格です。

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