計算化学 ソフトウェア

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【説明動画】GRRMmapを用いた反応経路の解析

主機能一覧

• ▸ 分子のカタログ表示・検索
• ▸ 反応経路の一覧表示
• ▸ 反応経路ネットワークの表示・解析
• ▸ エネルギーダイアグラムの表示
• ▸ EQ・PTの分子構造の一覧表示
• ▸ 反応経路の表示

 

分子のカタログ表示・検索

GRRMで探索された分子構造を2次元のカタログとして表示します。チェックボックスやテキスト入力を用いて指定した条件を満たす構造のみを検索できます。

 

反応経路の一覧表示

指定した反応経路について、反応物、遷移状態またはPathTop、生成物の3次元分子構造が可視化され、各構造の電子エネルギーと自由エネルギーが表示されます。

 

反応経路ネットワークの表示・解析

反応経路ネットワークのEQをSMILES表記でグループ化した、グループをノード（円）として、反応経路をエッジとして、ネットワークグラフの形で可視化します。ノード（円）の中に各SMILESグループの分子構造を表示する機能もあります。

 

エネルギーダイアグラムの表示

反応経路ネットワークで選択された複数のグループについて、その間の最短の反応経路についてのエネルギーダイアグラムを表示します。

 

EQ・PTの分子構造の一覧表示

EQやPTの一覧を、3D分子構造とともに表示します。大量の分子構造を一気に表示できます。

 

反応経路の表示

反応経路のエネルギーを可視化したグラフと、反応経路に沿った3次元分子構造を表示します。IRC経路や、DS-AFIRで探索された反応経路、MINの経路、LUP後の反応経路についても表示できます。

基本的な使い方

1. GRRM 実行

サーバー計算機上でGRRMを実行すると、計算結果ファイル群(*.log や *.rrm)が出力されます。

2. GRRMmap 実行

サーバー計算機上でGRRMmapのコマンドを実行します。コマンドの引数として対象インプットのタイトル(GRRMインプットファイル名から.comを取り除いた文字列)を指定します。GRRMmap はGRRM計算結果ファイル群を解析し、Webブラウザで閲覧しやすい形式に整形して出力します。出力ファイルは転送しやすいように MAPDATA.zip ファイルとして保存されます。

3. MAPDATA.zip ファイル転送

サーバー計算機からお手元のPC上へ MAPDATA.zip ファイルを転送します（WinSCP等）。もしサーバー計算機上のWebブラウザで閲覧する場合は、この作業は不要です。

4. MAPDATA.zip ファイル解凍

PC上で MAPDATA.zip ファイルを展開します。

5. Webブラウザで閲覧

MAPDATA.zip ファイル内のHTMLファイルを Google Chrome 等のWebブラウザで開きます。見やすく可視化されたGRRM計算結果を解析しましょう。

価格

価格につきましては こちらのフォームからお問い合わせください。お問い合わせの際は、フリーメールアドレスではなく、ご所属の組織のメールアドレスをご記入ください。

ご利用までのながれ

0. GRRMmap のインストール先となる計算機のご検討

上記の 基本的な使い方 を参考に、GRRMmapのインストール先となる計算機をご検討ください。
GRRMmap が GRRM の出力ファイルを整形して、その結果をお手元のPCへ転送することを考えますと、クラスタ計算機の場合にはログインノード（もしくはヘッドノード）にGRRMmapをインストールすることが適当である場合が多いでしょう（計算ノード/クライアントノードに対してGRRMmapをインストールする必要は通常ないでしょう）。GRRMmapは複数のユーザーでご利用いただけますので、/usr/local の下など、複数ユーザーがアクセスできるフォルダへインストールすると運用管理しやすいでしょう。

1. お問い合わせ

GRRMmapのインストール先となる計算機が決まりましたら、こちらのフォームからお問い合わせください。弊社営業担当が折り返しご連絡いたします。

2. ソフトウェア使用許諾契約の締結

GRRMmapの使用許諾契約書にご署名いただきます。利用期間についてもご相談ください。

3. ご発注～納品

ご発注後、通常 3営業日 で納品物をメールでご連絡いたします。

5. インストール

GRRMmapのユーザーマニュアルに沿ってGRRMmapをインストールしてご利用ください。

仕様

GRRMmap は Singularityコンテナ の形式で配布いたします。そのため幅広いLinux系OSで動作いたしますが、あらかじめOS上にSingularityコンテナのランタイム（=動作環境）がインストールされている必要があります。なお、弊社製造のHPC・AI製品のLinux系OSには、出荷時に SingularityCE または Apptainer のいずれかが標準でインストール済みとなっていますので、スムーズに起動いただけます。

※1 本製品に含まれておりませんので予め御用意ください。
※2 本製品に含まれておりませんので予め御用意ください。GRRM26 についてはこちらをご覧ください。

保守

GRRMmapの動作や操作についてのお問い合わせはGRRMmapのユーザーマニュアル中に記載していますお問い合わせ先へお送りください。ユーザーマニュアルには、各機能の操作説明に加えて、よくある質問とその答えを記載しておりますので、お問い合わせ前に是非ご一読下さい。

登録商標

GRRMは量子化学探索研究所の登録商標です。
GRRM is a registered trademark of Institute for Quantum Chemical Exploration .