Winmostar™

Winmostar(ウインモスター)は、量子化学計算、分子動力学計算、固体物理計算をマウス操作で実行するためのシミュレーションソフトウェアです。
マウス操作でシミュレーションができ、複雑な入力ファイルを手で作成する必要も、数万行以上ある出力ファイルから欲しいデータを目で探す必要もありません。
また、原子・分子構造を作成、条件を設定し実行、結果を可視化・解析の3ステップで結果を取得可能です。
Winmostarで業務品質と作業効率の向上、作業ミスの低減、候補材料のスクリーニング、実験で観察しづらいものの可視化を実現し、材料開発を効率化します。

Status

当ページに記載の内容は最新の情報ではない場合がありますので、
最新の更新履歴はhttps://winmostar.com/jp/revision_history/を参照してください。

[ Winmostar ]V10

Version 10.1.4 2020/6/8
[不具合修正]
Gaussianのリモートジョブ実行でのリモートでのfchk生成が反映されないことがある不具合修正をしました。
分子ごとに番号がソートされていない状態で[MD]-[自動で電荷を割り当て]を実行した際に、電荷の割り当てが異常終了する不具合を修正しました。
Gromacs実行時に、結合距離が長めの分子が含めると処理が中断することがある不具合を修正しました。
Quantum ESPRESSOのスピン分極計算の実行中に、ジョブのログファイルを読み込めない不具合を修正しました。
OpenMXキーワード設定において、OpenMP、MPIの設定が保存されない不具合を修正しました。
[ツール]-[配座探索(Balloon)]の実行する際、保存するファイル形式に挙動が依存する不具合を修正しました。
[仕様変更]
DCDFTBMDのキーワード設定のExecutableに最新のDCDFTBMDの実行バイナリを追加しました。
Version 10.1.3 2020/5/6
[不具合修正]
保存したGAMESSの並列数が次回起動時に反映されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
V10.1.1で変更したグループ選択した原子に対する水素付加の仕様の変更を元に戻しました。
[編集]-[水素を付加]以下の[すべての原子に付加]、[選択原子に付加(1原子)]、[選択原子に付加(2原子)]、[選択原子に付加(3原子)]をグループ選択した原子に対してできるようにしました。

Version 10.1.2 2020/5/3
[不具合修正]
ジョブマネージャで大量のジョブが入っているときにエラーメッセージが表示される不具合を修正しました。

Version 10.1.1 2020/5/1
[新機能]
[ファイル]-[インポート]-[SMILES]において、OpenBabelを用いたSMILESの読み込み機能を追加しました。
界面ビルダにおいて、シミュレーションセル直上の原子を界面の両側に配置する機能を追加しました。
[不具合修正]
大規模系などで水素付加の際にZ-Matrixが生成されてない場合は、Z-Matrixの作成を促すメッセージを表示するようにしました。
双極子モーメントの矢印の先の数値の位置が変わらない不具合を修正しました。
MOPACキーワード設定ウィンドウにおいて、Resetボタンを押しても表示される内容が更新されない不具合を修正しました。
PDB形式やQuantum ESPRESSOのMOL形式など、一部のフォーマットのファイルを読み込んだ後、[MD]-[手動で電荷を割り当て]を使用して電荷を割り当てられない不具合を修正しました。
Quantum ESPRESSOのNEB計算をリモートジョブで実行する際に、テンプレートスクリプトを使用できない不具合を修正しました。
英語版のWindowsでジョブマネージャがエラーになる場合がある不具合を修正しました。
ジョブマネージャで一番古いジョブの内容を編集できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
水素を付加関連の仕様を変更しました。
水素を付加でシリコン原子に対応しました。
遷移モーメントを両矢印で表示するように変更しました。
GAMESSのデフォルトパスを変更しました。
[パフォーマンス向上]
複数選択での水素の付加を高速化しました。
[その他]
Phonopy、BoltzTraPチュートリアルをQuantum ESPRESSOチュートリアルの一部として再編成しました。

Version 10.1.0 2020/4/6
[新機能]
Gromacs, LAMMPSの誘電率計算機能において、双極子モーメントのヒストグラムと自己相関関数の算出に対応しました。
Gromacs、LAMMPSの結果解析機能に、選択原子間の距離・角度・二面角の分布を算出する機能を追加しました([MD]-[Gromacs]/[LAMMPS]-[結果解析]-[距離/角度/二面角分布])。
Gromacsのリモートジョブ実行時に、xtcファイルだけをリモートサーバからローカルマシンに転送する機能を追加しました。([Submit Remote Job]ウィンドウの[Job]-[Get Remote File and…]-[Save XTC])
GAMESSのRESP電荷算出機能において、分子構造的に等価な原子に同じ電荷を割り当てるか否か選択できるようにしました。大きな分子の場合に処理が成功しやすくなります。
OpenMX3.9でBoltzTraPを使用できるようにしました。
ジョブマネージャで同時に処理できるジョブ数を設定できるようにしました。([ツール]-[環境設定]-[計算]-[最大ジョブ数])
共通のグラフ表示機能において、指定範囲の平均値を表示できるようにしました。
[不具合修正]
一部の編集操作において、Access violationが発生する不具合を修正しました。
英語環境のWindowsでジョブマネージャでエラーになることがある不具合を修正しました。
リモートジョブ投入で「Timed out waiting on socket」というエラーが出ることがある不具合を修正しました。
リモートジョブ投入でQueueがJM(Windows)のときにジョブを削除できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
分子が初期構造(CH)の状態でキーワード設定ウィンドウを立ち上げた時に、分子をCH4に変更するかユーザに尋ねるようにしました。
[MD]-[Gromacs]/[LAMMPS]-[結果解析]-[比誘電率]メニューの名前を[比誘電率/双極子モーメント]に変更しました。
[ファイル]-[インポート]-[SMILES]および[ツール]-[配座探索(Balloon)]機能を実行した際に、作業ディレクトリを作成してから一時ファイルを生成するように変更しました。
[ファイル]-[インポート]-[SMILES]および[ツール]-[配座探索(Balloon)]機能を実行後、ファイル名が無題となるように変更しました。
[MD]-[Gromacs]/[LAMMPS]-[力場を割り当て]を選択した際に、必要に応じて[MD]-[自動で電荷を割り当て]を呼び出すようにしました。
[その他]
グラファイトのcifファイルをSamplesフォルダに追加しました。

Version 10.0.8 2020/6/8
[不具合修正]
Gaussianのリモートジョブ実行でのリモートでのfchk生成が反映されないことがある不具合修正をしました。
Quantum ESPRESSOのスピン分極計算の実行中に、ジョブのログファイルを読み込めない不具合を修正しました。
OpenMXキーワード設定において、OpenMP、MPIの設定が保存されない不具合を修正しました。

Version 10.0.7 2020/5/6
[不具合修正]
保存したGAMESSの並列数が次回起動時に反映されない不具合を修正しました。
[仕様変更]
V10.0.6で変更したグループ選択した原子に対する水素付加の仕様の変更を元に戻しました。
[編集]-[水素を付加]以下の[すべての原子に付加]、[選択原子に付加(1原子)]、[選択原子に付加(2原子)]、[選択原子に付加(3原子)]をグループ選択した原子に対してできるようにしました。

Version 10.0.6 2020/5/1
[不具合修正]
大規模系などで水素付加の際にZ-Matrixが生成されてない場合は、Z-Matrixの作成を促すメッセージを表示するようにしました。
双極子モーメントの矢印の先の数値の位置が変わらない不具合を修正しました。
MOPACキーワード設定ウィンドウにおいて、Resetボタンを押しても表示される内容が更新されない不具合を修正しました。
PDB形式やQuantum ESPRESSOのMOL形式など、一部のフォーマットのファイルを読み込んだ後、[MD]-[手動で電荷を割り当て]を使用して電荷を割り当てられない不具合を修正しました。
[仕様変更]
水素付加の仕様を変更しました。
水素付加でシリコン原子に対応しました。
GAMESSのデフォルトパスを変更しました。
[パフォーマンス向上]
複数選択での水素の付加を高速化しました。
[その他]
Phonopy、BoltzTraPチュートリアルをQuantum ESPRESSOチュートリアルの一部として再編成しました。

Version 10.0.5 2020/4/6
[不具合修正]
[選択]-[分子種によるグループ選択]、[分子によるグループ選択]、[元素によるグループ選択]、[選択記述言語によるグループ選択]をクリックした際に、適切なUIが表示されない不具合を修正しました。
新規作成の状態で各種ソルバのキーワードを設定し、ファイルを別名で保存すると、デフォルトで選択されるファイルの種類がMOPACとなる不具合を修正しました。
一部の操作の後や、一部のフォーマットのファイルを読み込んだ後にMOPACキーワード設定ウィンドウを立ち上げると、デフォルトで適切なキーワードが選ばれない不具合を修正しました。
Quantum ESPRESSOのキーワード設定ウィンドウにおいて、一部の擬ポテンシャルファイルの価電子数を自動で取得できない不具合を修正しました。
英語環境のWindowsでジョブマネージャでエラーになることがある不具合を修正しました。
リモートジョブ投入で「Timed out waiting on socket」というエラーが出ることがある不具合を修正しました。
リモートジョブ投入でQueueがJM(Windows)のときにジョブを削除できない不具合を修正しました。
[仕様変更]
各種キーワード設定ウィンドウの[Advance]タブの名前を[Advanced]に変更しました。
[MOPAC]-[結果解析]-[振動スペクトル]の名前を[IRスペクトル]に変更しました。
[MD]-[Gromacs]-[エネルギー変化]において、[Energy Terms]の順番を変更しました。
[その他]
MOPAC二面角スキャンチュートリアルを追加しました。

Version 10.0.4 2020/3/19
[不具合修正]
Gaussianキーワード設定のEasy Setupにおいて、Enter Scanning Conditionで設定した一部の内容がGaussian Setupウィンドウに反映されない不具合を修正しました
SMILESをインポートする際に、ファイルパスがWinmostarのインストールフォルダ以下に移動することがある不具合を修正しました。

Version 10.0.3 2020/3/2
[不具合修正]
インストーラで一旦上書きインストールをキャンセルした後にインストール完了したときにエラーの表示になる不具合を修正しました。
一部の[開く]ダイアログにおいてファイルを指定できない不具合を修正しました。
Quantum ESPRESSOのログファイル(pwoutファイル)を開いた状態で、Quantum EPSRESSOキーワード設定ウィンドウでの[Output Directory]をContinueに設定すると発生するエラーを修正しました。
[仕様変更]
LAMMPSキーワード設定ウィンドウで[Save]、[Load]ボタンを押した際に、保存されるファイルのデフォルトの拡張子をlmp_setからlmpsetに変更しました。従来のバージョンで保存したファイルを読み込むことは可能です。

Version 10.0.2 2020/2/10
[不具合修正]
不正なライセンスの場合のエラーメッセージが他のメッセージとかぶって見えづらい不具合を修正しました。
マウス操作で拡大している最中にたまに縮小してぶれてしまうことがある不具合を修正しました。
ブロックポリマービルダで末端のモノマーを指定しないとエラーになる不具合を修正しました。
力場の設定に失敗したときアクセス違反でことがある落ちる不具合を修正しました。
[MD]-[Gromacs]-[最終構造を読み込み]において、デフォルトで提案されるファイルが最終構造ではなく始構造となる不具合を修正しました。
Gromacs, LAMMPSにおいて、新規ジョブ実行後、ファイル名を変更せずもう一度新規ジョブを実行すると出現するエラーを修正しました。
LAMMPSキーワード設定において、Save as Default機能を使用すると、その後キーワード設定ウィンドウを正常に立ち上げられない不具合を修正しました。
大規模ポリマーのLAMMPSのdataファイル作成でエラーになることがある不具合を修正しました。
スーパーセルの作成で電荷が保存されない不具合を修正しました。
GAMESSのリモートジョブ実行のデフォルトスクリプトでNWChemを実行している不具合を修正しました。
CONFLEXをローカルPCで起動が出来ないことがある不具合を修正しました。
[ツール]-[配座探索(Balloon)]実行時に、デフォルトのファイル名で保存すると生じるエラーを修正しました。
リモートジョブ投入ウィンドウのソルバー選択コンボボックスに空白の選択肢が入る不具合を修正しました。
リモートジョブ投入機能において、テンプレートスクリプト仕様時に、Queue=Runでジョブが実行されない不具合を修正しました。
分子の重ね合わせ画面で棒球表示にして原子を3箇所クリックするとエラーになる不具合を修正しました。
[ヘルプ]-[オンラインマニュアル]メニューのURLを修正しました。
[仕様変更]
各種ウィンドウがメインウィンドウの後ろに隠れないようにしました。
MO Plotウィンドウの「ESP(Mulliken)」を「ESP(Population Charge)」に名称変更しました。
Dreiding力場の割付で三角形的な結合ではDihedralを出力しないようにしました。
Gromacsのテンプレートスクリプトを使用したリモートジョブ実行時に、テンプレートスクリプトを修正することなく倍精度・単精度
の切り替えを行えるようにしました。
V10.0.1以前に生成したGromacsのリモートジョブ用テンプレートスクリプトを受け付けないようにしました。
[パフォーマンス向上]
大規模ポリマーのLAMMPSのdataファイル作成及び読み込みを高速化しました。
Dreiding力場の割付を高速化しました。
Version 10.0.1 2020/1/20
[不具合修正]
タイトルバーの表記を一部修正しました。

Version 10.0.0 2020/1/14
[新機能]
Economyライセンスを追加しました。
メインウィンドウの奥行き表現に対応しました。([表示]-[奥行き表現を使用])
3D表示で許出願用表示できるようにしました。
3D表示で階調なしに対応しました。
グループ選択の登録と選択に対応しました。([選択]-[グループを登録], [登録グループを選択])
Animationウィンドウに、全フレームの原子を並進移動する機能を追加しました。([Animation]ウィンドウ-[Tools]-[Translate All Atoms])
QMの各種ソルバのSetup、EasySetupにDFT汎関数及び分散力補正を複数追加しました。
Gaussianを利用してRESP電荷を算出する機能を追加しました。
MD計算実行前に、複数分子に対し電荷を自動で割り振る機能を追加しました。([MD]-[自動で電荷を割り当て])
LAMMPS実行時に出力されるdumpファイルの各行を、idに対しソートする設定を追加しました。([MD]-[LAMMPS]-[キーワード設定]-[Output]-[Sort dump file by id])
LAMMPS実行の際に、登録されたグループをndxファイルを出力し、後で選択できるようにしました。
Gromacs, LAMMPSキーワード設定ウィンドウにおいて、システムサイズの半分を超えないようにカットオフ半径を設定する機能を追加しました。([Interaction]タブの[Modify cutoff radii not to exceed L/2])
[不具合修正]
[固体]-[クラスタを作成]メニューでエラーになることがある不具合を修正しました。
[仕様変更]
初期状態でのファイル名は無題にするようにしました。
コマンドライン実行での仕様を変更しました。
Altキーを用いたショートカットキーを一部変更しました。
[ファイル]-[上書き保存]及び[名前を付けて保存]において、xyzファイル保存する際のフォーマットを変更しました。
 1行目:原子数
 2行目:コメント
 3行目以降:原子座標
SMILESインポートウィンドウにおいて、[Convert]ボタンの名称を[Import]に変更しました。
ツールバーの[編集操作で適用される元素を選択]の名称を[編集操作向けの元素を選択]に変更しました。
ツールバーに[プロジェクトを開く]、[最近開いたプロジェクトを開く]、[プロジェクトブラウザ]ボタンを追加しました。(experimental, Quantum ESPRESSOのNEB計算向けのみ)
メインウィンドウにおいて、左右同時ドラッグでもズームイン・アウトするようにしました。
4つのマーカー原子の番号が重複しないようしました。
各種ソルバの結果解析機能について、メインメニューにおいてサブメニューにまとめました。
複数のエネルギー変化、アニメーション機能を持つソルバに関して、ツールバーの[エネルギー変化]、[アニメーション]ボタンをプルダウンできるようにしました。
[編集]メニュー以下に[フラグメントの選択]と[編集操作向けの元素の選択]を追加しました。
セルの周期境界のデフォルト属性を、NoneからPeriodicに変更しました。
Winmostarインストールフォルダのsamples, manualフォルダをSamples, Manualに変更しました。
各種ファイル保存時に出現する、上書き確認ダイアログのデフォルトの選択肢をNoに変更しました。
Animationウィンドウから呼び出される[Custom Plot]ウィンドウにおいて、[Series]の表記を[Y Axis]に変更しました。
Animationウィンドウにおいて、[Excel]ボタンを廃止し、[File]-[Export CSV]メニューを追加しました。
MO Plotウィンドウにおける[ESP2]の名称を[ESP2(Mulliken)]に変更しました。
[半経験QM]および[QM]の各種Easy Setup機能において、[OK]ボタンを押すまでは変更が反映されないようにしました。
[半経験QM]および[QM]の各種Easy Setup機能において、[Reset before applying changes]のチェックをデフォルトでは外すようにしました。
[半経験QM]および[QM]の作業ディレクトリに、ソルバごとに異なった名前を設定するようにしました。
QMの計算方法のデフォルトをHF/STO-3GからB3LYP/6-31G*へ変更しました。
GAMESSの[Basic]の[COORD]のデフォルト値をZMTMPCからUNIQUEに変更しました。
NWChemのリモートジョブのスクリプトにおいて、デフォルトでmpiexecではなくmpirunを使用するように変更しました。
[MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能の[Import]ボタンの名称を[Same as main window]に変更しました。
[MD]-[溶媒を配置/系を構築]および[固体]-[結晶ビルダ]において、機能の実行後にファイル名を無名とするようにしました。
Gromacs, LAMMPSキーワード設定からForce Fieldタブを廃止し、同等機能を[MD]-[Gromacs/LAMMPS]-[力場を割り当て]メニューに分離しました。
Gromacs, LAMMPSキーワード設定時に、力場の設定機能を自動で開くようにしました。
Gromacsキーワード設定において、[constraints]の設定を[Advance]タブに移設しました。
Gromacsキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。
Gromacsのアニメーション機能において、topファイルがある場合は自動で電荷と力場の情報を読み込むようにしました。
 「(fast)」が付くPresetのshake-tol: 1e-4 → 1e-5
 「(fast)」が付くPresetのconstraints: hbonds → all-bonds
LAMMPSキーワード設定において、[Random Seed]、[Tdamp]、[Pdamp]の設定を[Basic]タブに移設しました。
LAMMPSキーワード設定において、[Constrain hydrogen atoms]の設定を[Advance]タブに移設しました。
LAMMPSキーワード設定の[Force Field/Potential File]において、汎用力場の種類を選択できるようにしました。
LAMMPSキーワード設定の[Pulled atoms]、[Restrained atoms]を、登録グループから設定するように変更しました。
LAMMPSキーワード設定のレイアウトを変更し、inファイルの表示・編集欄をManual entryタブに移設しました。
LAMMPSキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。
 「(fast)」が付くPresetのShake tolerance: 1e-4 → 1e-5
DPD計算時に生成されるdataファイルに、使用したポテンシャルファイルの名前をコメントで残すように変更しました。
[固体]-[Phonopy], [BoltzTraP]メニューを[固体]-[Quantum ESPRESSO]以下に移設しました。
Quantum ESPRESSOキーワード設定のvdw-corrの選択肢にgrimme-d3を追加しました。
Quantum ESPRESSOキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。
 degauss: 0.05 → 0.01
Quantum ESPRESSOのNudged Elastic Bandキーワード設定における、デフォルトのパラメータを以下のように変更しました。
 # of Ionic & Electronic Steps: 100 → 250
 Optimization Scheme: quick-min → broyden
 Elastic Constant: 0.1~0.1 → 0.4~0.6
Quantum ESPRESSOのバンド構造表示時に、E=Efermiの線を出力しないようにしました。
ジョブマネージャのUIを大幅に変更しました。
リモートサーバに作成されるフォルダ構成を「~/(Windowsユーザ名)/(ソルバ名)/(ジョブ名)」から「~/wm_(Windowsユーザ名)/(ソルバ名)/(ジョブ名)」に変更しました。
リモートジョブのテンプレートスクリプトに、そのファイルを生成した際のWinmostarのバージョンをコメントとして入れるようにしました。
リモートジョブ実行でデフォルトではPuttyを使用しないようにしました。
リモートジョブ実行画面でログ表示テキストボックスにUNIXコマンドを入力して実行できるようにしました。
Winmostar Viewerの[View]-[Copy Image]のショートカットキーを変更しました。
[廃止された機能]
[MD]-[溶媒を配置/セルを構築]機能において、Packmolを使用しないV8以前の機能を廃止しました。
V9以前で作成したプロジェクトファイルへの対応を廃止しました。
V8でのリモートジョブ画面を使用できないようにしました。
2D表示は使用できないようにしました。

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