LAMMPS を研究の基礎として安心してご活用いただけるように、豊富な機能を盛り込んでコンパイルし、LAMMPS規定の動作テストと速度検証を行って問題ないことを確認した上で、その報告書も同梱して納品しております。
2024年3月1日時点で最新の、弊社検証済みでセットアップ可能なLAMMPSは、弊社で出荷するRHEL / AlmaLinux 8.7搭載計算機向けにインテルoneAPI Base & HPC ToolkitとCUDAを用いてビルドを行った、LAMMPS 2 Aug 2023 update 1 GPU版です。
LAMMPSのビルド時に、利用可能な関連機能を可能な限り多く盛り込むようにするべく、次のソフトウェアを組み込み済みです。
ソフトウェア名称 | 概要 | バージョン |
LAMMPS stable | LAMMPS本体 | 2Aug2023 patch update 1 |
SPPARKS | Kinetic Monte Carlo Simulator | 6Sep23 |
Eigen | C++ template library for linear algebra: matrices, vectors, numerical solvers, and related algorithms | 3.3.9 |
HDF5 | Hierarchical Data Format version 5 | 1.10.6 |
kim-api | The Knowledgebase of Interatomic Models (KIM) Application Programming Interface (API) defines a standard (the Portable Model Interface (PMI)) for how molecular simulators interface with interatomic models (also called potentials or force-fields) | 2.3.0 |
LATTE | Open source density functional tight binding molecular dynamics. | ECP branch |
MDI Library | The MolSSI Driver Interface (MDI) project provides a standardized API for fast, on-the-fly communication between computational chemistry codes. | 1.4.16 |
moltemplate | general cross-platform text-based molecule builder for LAMMPS. | 2.20.20 |
MSCG | The Multiscale Coarse-Graining (MS-CG) method is a variational force-matching technique developed by the Voth group. | 1.7.3.1 |
n2p2 | A neural network potential package | 2.2.0 |
netcdf-c | The Unidata network Common Data Form (netCDF) is an interface for scientific data access and a freely-distributed software library that provides an implementation of the interface. | 4.7.4 |
pace | Pair style pace computes interactions using the Atomic Cluster Expansion (ACE), which is a general expansion of the atomic energy in multi-body basis functions. | 2023.01.3.fix |
QUIP(*) | QUantum mechanics and Interatomic Potentials | 0.9.14 |
ScaFaCoS | ScaFaCoS is a library of scalable fast coulomb solvers. | 1.0.4 |
Spglib | C library for finding and handling crystal symmetries | 2.1.0 |
tricubic | needed to to tricubic interpolations | 1.0 |
Voro++ | a 3D cell-based Voronoi library | 0.4.6 |
VTK | The Visualization Toolkit (VTK) is open source software for manipulating and displaying scientific data. | 8.2 |
PWDFT(NWChemEx) | PW-DFT development for NWChemEx | 1.0 |
PySCF | The Python-based Simulations of Chemistry Framework (PySCF) is an open-source collection of electronic structure modules powered by Python. | 2.3.0 |
Packmol | Packmol creates an initial point for molecular dynamics simulations by packing molecules in defined regions of space. | 20.14.2 |
phana | This program reads the binary file created by fix_phonon and helps to analyse the phonon related information. | 2.28.0 |
PLUMED | an open-source, community-developed library that provides a wide range of different methods, which include: enhanced-sampling algorithms, free-energy methods and tools to analyze the vast amounts of data produced by molecular dynamics (MD) simulations. | 2.6.6 |
AtomEye | atomistic configuration viewer | 3 |
(*):QUIPについては、内部のGAPのライセンスの都合上、アカデミックのお客様向けの納品物にのみ組み込んであります。
また、以下のパッケージを組み込み済みです。
AMOEBA、ASPHERE、ATC、AWPMD、BOCS、BODY、BPM、BROWNIAN、CG-DNA、 CGSPICA、CLASS2、COLLOID、COLVARS、COMPRESS、CORESHELL、DIELECTRIC、DIFFRACTION、DIPOLE、DPD-BASIC、DPD-MESO、DPD-REACT、DPD-SMOOTH、DRUDE、EFF、ELECTRODE、EXTRA-COMPUTE、EXTRA-DUMP、EXTRA-FIX、EXTRA-MOLECULE、EXTRA-PAIR、FEP、GRANULAR、H5MD、INTERLAYER、KIM、KSPACE、LATBOLTZ、LEPTON、MACHDYN、MANIFOLD、MANYBODY、MC、MDI、MEAM、MESONT、MGPT、MISC、ML-HDNNP、ML-IAP、ML-PACE、ML-POD、ML-QUIP(*)、 ML-RANN、ML-SNAP、MOFFF、MOLECULE、MOLFILE、MSCG、NETCDF、OPT、ORIENT、PERI、PHONON、PLUGIN、PLUMED、POEMS、PTM、PYTHON、QEQ、QTB、REACTION、REAXFF、REPLICA、RIGID、SCAFACOS、SHOCK、SMTBQ、SPH、SPIN、SRD、TALLY、UEF、VORONOI、VTK、YAFF
(*):ML-QUIPについては、内部のGAPのライセンスの都合上、アカデミックのお客様向けの納品物にのみ組み込んであります。
詳細につきましては、納品物に同梱いたしますバイナリ仕様書(後述)をご参照ください。
6件の問題を察知し、出荷前に対処を完了しました。
上記バイナリには、開発に用いた機材のバージョン、動作検証環境のスペック、テスト内容とテスト結果の詳細、既知の不具合(もしあれば)を記載したバイナリ仕様書(PDF)を /opt/hpcs/app_doc 以下に同梱しています。それは、LAMMPSを「研究装置」として見たときの、言わば、「装置の品質検査報告書」です。弊社でビルドしたLAMMPSがご研究の基礎として安心してご活用いただけることを裏付ける資料となります。バイナリの検査内容について気になった際には、いつでもご参照ください。
バイナリ仕様書の表紙
平日9:30~17:30 (土曜日、日曜日、祝祭日、年末年始、夏期休暇は、休日とさせていただきます。)