技術情報

GAMESS を研究の基礎として安心してご活用いただけるように、豊富な機能を盛り込んでコンパイルし、GAMESS規定の動作テストと検証を行って問題ないことを確認した上で、その報告書も同梱して納品しております。

セットアップ可能なGAMESSの概要

2024年4月15日時点で最新の、弊社検証済みでセットアップ可能なGAMESSは、弊社で出荷するRHEL / AlmaLinux 8.7搭載計算機向けにインテルoneAPI Base & HPC Toolkit（以下、oneAPI）でビルドを行った、GAMESS September 30, 2023 R2 Public Releaseです。

組み込み済みのソフトウェア/機能

GAMESSのビルドに用いたバージョンは次の通りです。

またビルド時には次の追加機能を組み込んでいます。

• ・libXC interface
• ・MDI support
• ・RISM-SCF-cSED

テスト項目とテスト結果

1. 様々な並列数でのrunallテスト
   • GAMESS付属のテスト実行スクリプトrunall によりテストインプットを実行しました。計算時の並列数を1ノード1コア～2ノード96コアまで変化させ、それぞれの結果を、ログチェックスクリプト（checktst）を用いてチェックし、いずれもパスすることを確認しました。テストインプットの中には並列計算に対応していないものがあり、それらは並列計算テスト時には除外しています。
2. rsmcsedテスト（RISM-SCF-cSEDの動作確認）
   • GAMESS付属のスクリプトpy を使用してテストを実行し、checkgms.pyを用いて出力数値をチェックしました。Serial（1 コア）計算と 4 並列計算に対して、正常動作を確認しました。
3. 並列スケーラビリティ検証
   • GAMESS付属のインプットを実行し、並列数に応じて計算速度が向上することを確認しました。

詳細につきましては、納品物に同梱いたしますセットアップ仕様書（後述）をご参照ください。

ビルド時に発覚した問題とそれに対する試行錯誤・対処

2件の問題を察知し、出荷前に対処を完了しました。

1. 大並列時にDDI通信エラー【対処済】
   【問題概要】 DDI並列で並列数を大きくして実行すると、通信パケットが捨てられたという内容のログがsyslogに出力されることがあります。その際、実行しているGAMESSの計算が異常挙動を起こします。
   【影響度：中】 目安として48程度以上でDDI並列実行した際に、この現象がときどき発生します。また、その際後述する原因不明のGAMESSフリーズについても、発生確率が大幅に上昇することを確認しています。
   【原因究明】 前述のログが、並列数が大きい計算を大量に実行した場合に高頻度に現れることを確認しました。ログの内容と発生条件から、DDI並列を用いたGAMESS通信の接続がOSの接続回数上限を超えてしまったためと判断しました。
   【対処策】 弊社計算機にGAMESSをインストールする際に、併せてOSの接続回数上限を増やす設定を実施するようにしました。
2. 計算途中でGAMESSがフリーズする【対処済】
   【問題概要】 DDI kickoffプログラムが計算プロセスを初期化したすぐ後、GAMESSバージョン出力が現れる前にGAMESSがフリーズします。フリーズしているため、エラーで終了せずに、計算がサスペンドしたような状況となります。
   【影響度：小】 正常に動作することが確認されているインプットであっても、非常に低確率で発生します。再現性がほとんど無く、弊社ビルド作業中に2回発生しましたが、ビルド後に2ノード96並列でのrunallテスト400回、1ノード48並列のrunallテスト400回を行っても再現しませんでした。
   【原因究明】 状況的に、GAMESSのバグ、あるいはOSのライブラリのバグではないかと推測しています。
   【対処策】 非常に低確率で発生していることから、症状が発生してしまった場合には同一条件で計算をやり直していただくことをお勧めしています。

セットアップ仕様書をいつでも参照いただけます

上記セットアップには、開発に用いた機材のバージョン、動作検証環境のスペック、テスト内容とテスト結果の詳細、既知の不具合(もしあれば)を記載したセットアップ仕様書（PDF）を/opt/hpcs/app_doc以下に同梱しています。それは、GAMESSを「研究装置」として見たときの、言わば、「装置の品質検査報告書」です。弊社でビルドしたGAMESSがご研究の基礎として安心してご活用いただけることを裏付ける資料となります。セットアップの検査内容について気になった際には、いつでもご参照ください。

バイナリ仕様書の表紙