mm

mmはスタンドアローン（単独動作）型の分子力学(MM)プログラムです。このプログラムは標準入力からGaussianのインプットファイルを読み込み，標準出力に（可能であれば最適化した）構造での新しいインプットファイルを出力します。用いる力場には -Dreiding, -UFF, -Amber, -Paramオプション（下記参照）から選択する必要があります。実行するタイプのジョブは，-Force, -Freq, -Opt, -Microコマンドラインオプションで選択します。デフォルトはエネルギー計算です。-Microにすると，（分子のMM部分を先に最適化するために）リアル系に属する原子のみ最適化します。

コマンドラインオプション

-Param N
力場 N （GaussianでのIOp(1/64)=Nと同じです）を用います。

-ReadParam
追加パラメータを読み込みます。内部に保存されているパラメータは読み込んだパラメータより優先されます。

-ReplaceParam
追加パラメータを読み込みます。読み込んだパラメータのほうが内部に保存されているパラメータより優先されます。

-OptCyc N
最適化サイクルの最大数をNにします。

-ReadCon
入力ファイルから結合性情報を読み込みます（つまり，インプットファイルで Geom=Connectを使っている場合）。

-Test N
デバッグフラグを N にします（数字を大きくするとより詳細なデバッグ出力が得られます）。

-TRScale num
剛体並進・回転に対するスケーリングスキームnumを用います：0にするとスケールなし（デフォルト），1にすると剛体ブロックのN 原子を1/N倍スケールし，2 にすると剛体ブロックのN 原子を1/SQRT(N)倍スケールし，負の値にするとN|/1000倍スケールします。