分子動力学ソフトウェアで有名なGROMACS に
誰もが簡単に使えるよう機能をプラス!
シミュレーションが手軽にできるようになります。

特徴

  1. MDシミュレーションがとにかく簡単!
  2. 計算結果が早くわかる!
  3. 混合溶媒中の物性が手軽に評価できる!
  4. 溶液温度による違いがわかる!
  5. GROMACSがもっと便利に!

( Version 2.0の新機能はこちら )

1. MDシミュレーションがとにかく簡単!

MDシミュレーションは、分子を作成し、分子を配置して系を作成し、平衡化して、トラジェクトリを解析し…と多くの手続きからなっています。この複雑さゆえ、専門の研究者ですら1日がかりの作業になることが多々ありました。

本ソフトウェアでは溶液中の各分子構造ファイルとちょっとした設定だけで計算を始めることができます。分子の配置からMD計算、そして解析計算まですべて自動化! 待っているだけで答えが得られます。

2. 計算結果が早くわかる!

計算自動化の恩恵は時間に現れます。手作業で行う場合、あれこれと試行錯誤することが多く、結果的に1日に評価できる材料・解析項目は限られてしまいます。

本ソフトウェアを使用すれば、材料の種類や濃度を変えた計算を次々と実行することができます。例えば、1日で480の電解質材料の評価が可能です。
※ Intel Xeon E5-2690 2.90GHz x2(16コア)計算機10台の構成で実行時。

3. 混合溶媒中の物性が手軽に評価できる!

計算の設定は分子構造ファイル(PDB/Mol2/Gaussian形式)を用意して、分子数を指定するだけ。これだけで分子を適度に混ぜ合わせた系のシミュレーションが実行できます。


電解質系

4. 溶液温度による違いがわかる!

本ソフトウェアでは、実際の温度・圧力環境でシミュレーションができるため、温度を変えて比較計算が可能です。

また絶対零度・静止状態の量子化学計算を超えて運動状態が扱えるため、エネルギーなどの物性情報を平均値と標準偏差といった統計量として得ることができ、現象理解の可能性を広げました。


溶媒和状態の温度依存性を動径分布で評価

5. GROMACSがもっと便利に!

分子動力学シミュレーションの自動化を実現したプログラムのほか、GROMACSトラジェクトリの計算解析ツールが用意されています。