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S202 はじめてのAMBER (低分子系)

  • AMBERがはじめての方
  • 講義形式
  • 1~2 時間

AMBERは生体分子や有機材料の研究開発によく利用されている分子動力学計算ソフトウェアです。コマンドラインベースのため学習のハードルが高いこのソフトウェアの使い方をわかりやすくまとめました。
(本セミナーでは低分子を対象としています。生体分子に興味のある方はS204 はじめてのタンパク質計算 AMBER編をご利用ください。)

目次

1 はじめに
 1-2 実習の目標
 1-3 分子シミュレーションの流れ

2 AMBERの基礎知識
 2-2 AMBERはこんなプログラム
 2-3 AMBERのプログラムパッケージ
 2-4 AmberToolsのプログラムパッケージ

3 チュートリアル
 3-1 分子作成
 3-2 力場設定
 3-3 分子配置
 3-4 エネルギー極小化
 3-5 平衡化MD
 3-6 サンプリングMD
 3-7 解析

4 応用へのヒント

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