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VMD
VMDの概要
vmdは、分子動力学計算アプリケーションNAMDのプリポスですが、その範囲にとどまらず、現在では多方面で広く使用されているviewerです。対応ソフトが非常に多彩で、NAMD、AMBERに止まらず、VASP, GAMESS、gromacsなどを可視化可能です。
VMD配布バイナリーのインストール
先頃、vmdはバージョンが1.9にアップデートされました。開発元で配布されているバイナリをダウンロードして使用されている方も多い事と思いますが、時おり、この配布バイナリが上手く動作しないのでなんとかしてという質問を受ける場合があります。
そこで簡単ですが、配布バイナリのインストール方法に関して、解説します。
インストール方法
まず、
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
より、ライセンスアグリメントに同意して、linuxのx86-64版のバイナリをダウンロードします。
（vmd-1.9.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz）
次にこれを展開します。よく誤解される事なのですが、配布バイナリはこのままでも動作する環境の場合は動作しますが、ただ展開しただけは配布元が期待しているインストール方法が終わった訳では無いという事です。
配布されているバイナリはcudaを使用する事も可能なようにビルドされているので、cudaをインストールしていない場合は、大抵、libcudart.so
が無いとエラーが出て動かないはずです。
配布バイナリは、多用な環境に対応して、更に、オプションなどが変更出来るようになっています。
配布バイナリにsrcそれ自体が入っていないにもかかわらず、srcというディレクトリがあるのはこの為です。
配布バイナリのトップディレクトリにはconfigureとconfigure.optionsのファイルがありますが、これはインストール用で、vmdで使うライブラリは、configure.optionsに列記してありますが、CUDAを使用しない場合は、この中のCUDAの部分を消します。
その次に、configureを実行します。
そして、srcの下に移動して、rootでmake installとコマンドを打つと、
/usr/local/binと/usr/local/lib
にインストールされます。
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