ソフトウェア
PAICS
PAICSは長崎大学医歯薬学総合研究科石川岳志准教授によってC言語によるフルスクラッチで開発・維持をしている量子化学計算プログラムです。フラグメント分子軌道法(FMO法)を採用して、創薬研究の対象となる巨大生体分子をフラグメントと呼ばれる原子団に分解して並列処理することで巨大生体分子に対する量子化学計算が可能です。PAICSを用いた抗プリオン病化合物の開発に関する研究成果も出て、創薬研究への実用化が進んでいます。PAICSに使用する入力ファイル作成支援プログラムPaicsViewも同時に開発されています。
Status
リリースノート：
http://www.paics.net
http://www.paics.net/open_e.html
- The source code is open to the public free of charge with an English manual and order form. The following functions are available:
- base system of the FMO calculation
- molecular integral calculation
- RHF calculation (energy and gradient)
- MP2 calculation (energy and gradient)
- RI-MP2 calculatoin (energy and gradient)
- local MP2 calculation (energy)
フラグメント分子軌道(FMO)プログラムPAICS
■PAICSの機能
FMO法に基づく量子化学計算プログラム
計算手法はRHF、MP2、局在化MP2、RI-MP2を実装
入力ファイル作成支援プログラムPaics View付属
■PAICSの特長
生体分子を量子化学的に取り扱うことが可能
タンパク質－リガンド間の相互作用の情報を高速に得ることができる
■創薬研究への適用
量子化学計算を利用して次世代創薬への扉を開く
リガンド-タンパク質間の相互作用の詳細な解析
タンパク質内の相互作用の解析
PAICS/PaicsViewユーザマニュアル(チュートリアル付属)
量子化学計算の創薬研究への適用
プリオンタンパク質-GN8複合体
GN8近傍アミノ酸残基のIFIE解析例
GN8の各フラグメントとプリオンタンパク質間のIFIE解析例
PAICSを適用した研究論文リスト
Theoretical study of the prion protein based on the fragment molecular orbital method,
T. Ishikawa, T. Ishikura, and K. Kuwata, J. Comput. Chem.,30 (2009) 2594-2601
Fragment molecular orbital calculation using the RI-MP2 method,
T.Ishikawa and K. Kuwata, Chem. Phys. Lett., 474 (2009) 195-198
Interaction analysis of the native structure of prion protein with quantum chemical calculations,
T. Ishikawa and K. Kuwata, J. Chem. Theor.Comput., 6 (2010) 538-547
Acceleration of monomer self-consistent charge process in fragment molecular orbital method,
T. Ishikawa and K. Kuwata, C.B.I.J., 10 (2010) 24-31
PAICS/PaicsViewの知的財産権は岐阜大学のものです
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