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Gromacs
STATUS
2011年6月24日現在
Gromacs 4.5.4 がリリースされました。このリリースでまず特筆すべき点は、Amber Force Field の使い勝手が大幅に向上している所です。
その他、このリリースに関する最新情報は、リリースノートをご確認ください。
マニュアル等
特記事項
フリーソフトで変化が速く、時にもの凄い勢いで変化するのでCVSで最新を追うと混乱する亊があります。
ベンチマーク
gromacs 4.0.5 benchmark 過去のデータも含めて、gromacs 4.0.5のベンチマーク結果
■ 検証環境
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CPU : X5570 2.93GHz
Memory : 48G
Cent5.4 ic11.1.072 OpenMPI 1.4.2
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CPU : E5472 3.00GHz
M/B : X7
Memory : 48G
Cent5.4 ic10.1.025 OpenMPI 1.2.9
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CPU : E6850 3.0GHz
M/B :BOX-ML
Memory : 8G
Cent5.4 ic11.1.072 OpenMPI 1.4.2
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CPU : X5667
Memory : 48GB
Cent 5.3 ic11.1.059 OpenMPI 1.2.9
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↓HPC5000-ExpressR1 でのベンチマーク結果↓
CPU : X5680 (3.33GHz/6core)
Memory : 48 Gbyte
CentOS 5.5 ic11.1.073, OpenMPI 1.4.3
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gromacs 4はSSEをフルに使うので、速度差が出難い。
ビルド時に指定しないと、全体的に遅くなるなど、かなり速度差が出ることが知られている。
■ ベンチマーク結果
