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Gaussian実行環境の構成
Gaussianでは環境変数を指定することにより，実行ファイルのあるディレクトリとスクラッチファイルを作成するディレクトリを決定します。しかし，これら環境変数のうち2つはユーザーにより設定しておく必要があります：
- g03root： g03ディレクトリが存在するディレクトリ（つまり，その上位のディレクトリ）を指定
- GAUSS_SCRDIR： スクラッチファイルに用いられるディレクトリを指定
Gaussian初期化ファイルでは必要に応じて他のエイリアス（別名）や環境変数について初期化を行います。Gaussianの全ユーザーは，各自のUNIXシェル環境設定ファイルで，適切にGaussian初期ファイルを実行する必要があります。詳細については，このページを参照してください
g03.loginまたはg03.profileで作成される環境変数には次のようなものがあります：
- GAUSS_EXEDIR : Gaussianイメージが保存されているディレクトリの指定。デフォルトでは，メインディレクトリ$g03root/g03といくつかの他のディレクトリが含まれます。
- GAUSS_ARCHDIR : メインサイトワイドなアーカイブファイルを保存しておき，またメインアーカイブが利用不可能な場合にテンポラリアーカイブファイルが置かれるディレクトリの指定。
- G03BASIS : 標準Gaussian内部保存基底関数系を指定したファイルや，一般基底関数インプット形式での追加基底関数系が置かれているディレクトリの指定。この環境変数は便宜上提供されているものであり，@インクルード機構で用いられるようになっています。
スクラッチファイルに関して
UNIXシステムでは， Gaussianはユーザーによって指定されなかった場合，プロセスIDに基づくユニークなスクラッチファイル名を作成します。このメカニズムにより，複数のGaussianジョブを同じスクラッチディレクトリで同時に実行することができます。
スクラッチファイルは，デフォルトではジョブが正常に完了するか，ジョブが死んだときでもそれがきれいに終了した際には自動的に削除されます。しかしながら，ジョブが止められた(kill)か，あるいは異常終了した場合には削除されません。その結果，残留ファイルがスクラッチディレクトリにたまってしまうかもしれません。
残留ファイルを過度に残さないようにする簡単な方法には，全ユーザーが同じスクラッチディレクトリを共有し，そのスクラッチディレクトリはシステムブート時にクリアするよう，rmコマンドをシステムブートスクリプト（たとえば，/etc/rc や/etc/rc.d/rc3.d下のファイルで）に適切に設定しておくことです。NQSバッチシステムを用いている場合には，スクラッチディレクトリのクリアをNQSの開始前（そのディレクトリでジョブが実行されていないのを確認した上で）に行うことでもできます。