技術情報

コア数に応じてスピードアップを望めるMD系アプリでは、コア数の多いGPUを使うことで、今までのCPUと比較してさらに速度向上が見込めます。
MD系で日本では特にポピュラーなAmberで、GPU用パッチが公開されていますので、それを試してみました。

パッチ本家サイトに載っているサンプルを試しました。実行環境は次のとおりです。

AMBERHOME/test/cuda/ 以下にテスト用サンプルが置いてあるのでそれを真似してインプットを作成しました。

cd $AMBERHOME/test/cuda
mkdir liketheweb
cd liketheweb
cp ../trpcage/* .
vi Run_md_trpcage
（mdinに次が入るように修正し上書き保存）
&cntrl
  imin=0,irest=1,ntx=5,
  nstlim=100000,dt=0.002,ntb=0,
  ntf=2,ntc=2,tol=0.000001,
  ntpr=1000, ntwx=1000, ntwr=50000,
  cut=9999.0, rgbmax=15.0,
  igb=1,ntt=0,nscm=0,
/

測定結果は次の通りでした。

パッチ本家サイトで報告どおりの速度向上が見られました。今回GPU高速化対象となっているのは Amber の中でも PMEMD(“Particle Mesh Ewald Molecular Dynamics”) だけですが、それでも絶対的に高い性能が得られることは大きな魅力です。